诊断
肠道病毒感染的表现是多方面的，几乎涉及各个系统，因此，婴幼儿感染性疾病时要想到本病的可能，同时结合流行病史，结合必要的实验室检查确诊，但健康人可带有该病毒，不能从咽拭子或粪便中分离出病毒就作为最后诊断的依据，抗原-抗体测定有诊断价值，但因分型过多，无法测定所有的类型。
鉴别诊断
由于临床表现为多方面，因此需要鉴别的疾病种类也很多，最主要是脑膜脑炎，心肌-心包炎，发疹性疾病和婴儿腹泻。
1.与病毒性脑炎相鉴别
从脑脊液的特征主要与其他病毒性脑炎相鉴别，除抗原-抗体的检测外，用其他方法难以区别，当然，其他病毒脑炎尚有其他伴随表现。
2.与其他心肌，心包炎鉴别
心肌-心包炎需与其他病毒或细菌引起的心肌，心包炎鉴别，因年长儿少见，且不伴心内膜病变，与风湿热鉴别，无实际意义。
3.消化不良，轮状病毒肠炎，致病性大肠埃希杆菌肠炎等鉴别
婴儿腹泻需与消化不良，轮状病毒肠炎，致病性大肠埃希杆菌肠炎等鉴别。
皮疹需与麻疹，风疹，幼儿急疹，药物疹，变应性败血症等鉴别。
