肠道病毒感染时，临床表现极为多样化，病情轻重差异悬殊，同型病毒有不同临床表现，不同型病毒可有相似症状，故单从临床表现难以判定型别，常为多种表现同时存在。
1.神经系统感染
(1)脑膜脑炎：一般认为该两种病毒可引起脑炎及无菌性脑膜炎综合征，其实，从临床表现及病理改变而言，两种病变无法区别，且多有并存，故可称为脑膜脑炎，已知柯萨奇病毒中A组12个型，B组中6个型，埃可病毒中几乎所有的型，均可引起脑膜脑炎，一般发病急，均有发热，轻重不等，以轻型为多，轻者可无脑膜脑炎的临床表现及体征，脑脊液检查异常才被发现，常见症状和体征有恶心，呕吐，头痛，脑膜刺激症状等，同时伴有咽痛，腹痛，腹泻等非特异性表现，脑脊液所见与其他病毒引起的脑膜脑炎相似，细胞数轻度增高，分类早期中性粒细胞为主，后期以淋巴细胞为主，糖和氯化物正常，蛋白轻度增高。
(2)瘫痪疾病：与脊髓灰质炎相比，该两种病毒引起瘫痪发生率低，症状轻，恢复快，预后好，柯萨奇A组中有6个型，B组中有4个型，埃可中10个型，均可引起瘫痪性疾病。
2.心脏疾病
此两种病毒可引起心肌-心包炎，侵犯心内膜者少，柯萨奇病毒A组中9个型，B组中6个型，埃可病毒中11个型，可累及心脏，有报道在柯萨奇病毒流行时，约33%患者有各种类型的心脏病，可发生于各年龄组，包括新生儿和成人，新生儿患病可为胎内感染，病情重，预后差，可发生猝死或慢性充血性心力衰竭，心肌-心包炎的轻重程度悬殊，轻者仅有心电图改变，重者出现面色苍白，发绀，咳嗽，呼吸困难，心率增快，各种心律异常，心脏扩大，心音低钝，可闻杂音(心尖部收缩期)，肺部啰音，肝脏增大，临床根据心电摩擦音，卧位透视心腰部增宽，B超心包腔有积液而诊断心包炎，部分病例可发展为慢性心肌炎，心肌病，缩窄性心包炎和心内膜弹力纤维增生症，心肌缺血和梗死是导致猝死的主要原因。
3.呼吸道感染
埃可及柯萨奇病毒许多型可引起上呼吸道感染，少数引起下呼吸道感染，疱疹性咽峡炎是由柯萨奇病毒引起，埃可病毒也可为病原，传染性强，可发生流行，由于型别不同，同一患儿可多次发生，突然出现发热，咽痛，头痛，腹痛，咽部初起充血，继而出现灰白色疱疹，疱疹破崩，形成黄色溃疡，可见于扁桃体前弓，软腭，悬雍垂及扁桃体上，但不出现于齿龈及颊黏膜处，4～6天自愈，少数至2周。
4.发疹性疾病
皮疹出现于其他部位感染时，仅为一种表现，皮疹的形态，数量和分布变化多，可为斑疹，斑丘疹，水疱疹，荨麻疹，偶见瘀点，部位不定，口腔黏膜也可见到，且可形成溃疡，一般2～4天消退，不留痕迹。
有一种手，足，口病，主要由柯萨奇病毒A16 ，A5，A10引起，多见于4岁以内年幼儿，其特点为口腔内见小疱疹或溃疡，位于舌，颊黏膜及硬腭处，偶见于软腭，牙龈，扁桃体，四肢，尤以手足部可见斑丘疹或疱疹，偶见腿，臂和躯干，数量多少不定，病程短，可伴发热，以低热为多。
5.腹泻
腹泻可见于四季，尤以夏秋季为多，多见于婴幼儿，为婴幼儿腹泻的常见病因，大便多为黄色或黄绿色稀便，可带黏液，偶见少量血液，每天5～6次至10余次，出现脱水者少，多在1～2天恢复。
6.其他疾病
尚可见流行性胸痛或肌痛，以胸痛为主者以胸，腹及膈肌附着点处明显，尚有四肢肌肉酸痛，全身肌痛，疼痛程度不等，轻者感紧压样及胀痛，重者似刀割，针刺，胸腹痛时咳嗽及深呼吸时加剧，腹部可有压痛，甚至腹肌痉挛及强直，尚有发热，咽痛，头痛，咳嗽，呕吐，腹泻等表现。
