经支气管镜或胸腔镜或开胸作肺活检，可以确定诊断，Ashen等(1984)所提出的病理诊断标准如下：
1.肺泡内可见含PAS染色阳性颗粒的巨噬细胞大量聚集。
2.肺泡内Ⅱ型上皮细胞肿胀及增生。
3.间质内有淋巴细胞，浆细胞和嗜酸细胞浸润，并有轻度间质纤维化。
鉴别诊断
1.与其他间质性肺炎鉴别： 临床表现与其他性质的间质性肺炎不易区别，确诊主要依靠肺穿刺活检。
2.呼吸道异物 ：小儿脱屑性间质性肺炎以干咳，进行性呼吸困难为主要症状，体检时肺内可闻干啰音及水泡音或呼吸音减弱，易与呼吸道异物混淆，其主要鉴别点：
(1)呼吸道有明确的异物吸入史，而脱屑性间质性肺炎可由“感冒”诱发，进展迅速。
(2)胸部X片：呼吸道异物表现为受累肺叶，肺段萎缩，变形和密度改变，可有纵隔移位，纵隔矛盾运动;而脱屑性间质性肺炎表现为双肺间质改变，呈弥散性，可迅速出现进行性，浸润性病灶并出现毛玻璃状改变或网状阴影，抗生素治疗无效，难以用感染，过敏或结缔组织病解释。
(3)肺泡液组织活检：小儿脱屑性间质性肺炎有特征性病理表现。
