主要根据婴幼儿期发病，有明显营养缺乏及反复或慢性感染史，贫血较重且为营养不良性，肝脾肿大尤以脾大明显，以及周围血象出现幼粒，幼红细胞等临床特点即可考虑诊断。
1.缺铁性贫血 本病征严重时可见小细胞低色素贫血，此时应与缺铁性贫血鉴别，后者血清铁下降，但血清总铁结合力上升，骨髓细胞外铁减少甚至消失，肝脾一般不肿大。
2.白血病：本病末梢血片可见幼稚粒细胞，且临床伴有肝脾肿大，尚需与白血病鉴别，主要靠骨髓检查。急性白血病病情发展快，多有出血倾向，血象中幼稚细胞以原幼阶段为主，血小板大多明显减少，骨髓象有典型白血病改变。婴儿慢性粒细胞白血病血象、骨髓象以粒细胞改变明显，胎儿血红蛋白常明显增高。以上特点可资鉴别。
3.类白血病：有原发感染灶，脾肿大较轻，血象无有核红细胞，粒细胞有感染中毒改变，原发病控制后血象恢复正常。
4.慢性溶血性贫血 在有核红细胞及网织细胞增加时，应与慢性溶血性贫血鉴别，后者可有家族性溶血性贫血或地中海贫血的红细胞形态的异常或血红蛋白异常以及证实溶血存在的试验阳性结果。
5.其他有骨髓外造血的疾病： 如婴儿型石骨症、骨髓纤维化等也表现为贫血、脾大，外周血象出现幼稚粒、红细胞，但骨髓穿刺常不能成功。骨髓活检或骨骼x线摄片可助鉴别。
