根据病史，临床表现及实验室检查做出诊断。
实验室诊断可取鼻咽部，气管抽吸液及肺活检标本作衣原体培养，抗原检测和PCR检测，血清抗衣原体抗体滴度，可有助于急性感染的诊断，用微量免疫荧 光法或酶免疫法测定抗衣原体的IgM，如>1∶32则高度提示衣原体肺炎，如实验室检查条件有限，可根据可疑临床表现，结合胸片，血嗜酸性粒细胞计 数，血清IgG，IgM检查，必要时做细菌培养以排除其他感染，即可做出本病的诊断。
衣原体肺炎应与其他病原体引起的肺炎鉴别，如呼吸道合胞病毒，巨细胞病毒，腺病毒和流感病毒等，导致的非发热性肺炎;链球菌，金黄色葡萄球菌，大肠埃希杆菌，克雷白杆菌，流感杆菌，肺炎球菌和脑膜炎球菌等导致的肺炎，结核等。
