沙眼衣原体多数情况下感染眼，鼻咽部，子宫颈，尿道及直肠黏膜等部位，沙眼衣原体在孕妇可累及子宫颈的柱状上皮细胞，很少累及阴道鳞状上皮细胞，还可逆行感染子宫内膜，损伤胚胎，可造成死产，早产，胎膜早破等，新生儿在通过感染衣原体的母亲产道时，可感染衣原体引起结膜炎和肺炎。
1.结膜炎：受染母亲所生新生儿，约30%～50%会发结膜炎，10%～20%会发生肺炎，结膜炎多在生后5～14天发病，常单侧发病，多有自限性，先有卡他性结膜炎症状，后出现黏液脓性分泌物，眼睑及结合膜肿胀，充血，眼睑结合膜滤泡形成在新生儿较少见。
2.鼻咽部感染：约50%合并有鼻咽部感染。
3.肺炎：多发生在生后1～3个月，25%合并有鼻咽部感染，表现为咳嗽(犬吠样)，气促，无热和低热，两肺湿啰音，重者有呼吸困难和发绀，喘鸣多不明显，有别于呼吸道合胞病毒引起的肺炎，X线检查双肺有间质性浸润，嗜酸粒细胞增多>400/mm3。
4.其他：其他部位的感染，如阴道，直肠的感染症状，多隐匿而不易察觉。
