1.可取分泌物涂片或结膜刮片作Giemsa染色，可见到中性粒细胞，部分上皮细胞分内可见衣原体性包涵体，也可作免疫荧光素标记抗体检查及免疫酶联吸附试验进行诊断。
新生儿包涵体结膜炎：分泌物为脓性，量多，可作涂片检查，基本不见细菌，并有包涵体。
成人包涵体性结膜炎：结膜囊脓性分泌物，内含大量多形核白细胞，结膜刮片可见包涵体。
2.病理学检查
组织学上，沙眼衣原体虽然只侵袭结膜上皮细胞，但病理改变却达深层组织，病变早期首先表层上皮细胞变性脱落，深层增生，基质层新生血管形成，纤维组织增生，炎症细胞浸润，形成乳头，浸润的淋巴细胞聚集形成滤泡，滤泡中心变性坏死及有吞噬的细胞碎片，特别是核碎片的巨噬细胞，称为Leber细胞，活动期沙眼的结膜标本作免疫组化研究时发现：结膜上皮浸润的炎症细胞主要是多形核粒细胞，巨噬细胞，T淋巴细胞及树突状细胞;基质内浸润的炎症细胞主要是B淋巴细胞形成的淋巴滤泡，弥漫浸润的浆细胞及散在浸润的B淋巴细胞，树突状细胞，T淋巴细胞，巨噬细胞及多形核粒细胞。
结膜刮片标本可以发现包涵体：上皮细胞的胞质内容易检出嗜碱性包涵体。
