真菌学检查。
1.直接镜检：在临床标本中可见宽大的，10～15μm宽，绝大多数无隔膜，薄壁的菌丝，常呈灶性球根部膨胀和不规则的分支，刮片，痰和分染色(calcofluor)观察，从坏死组织，痰或支气管肺泡冲洗液的临床标本中直接镜检发现毛霉较培养分离更有意义，镜下本菌与其他真菌，如曲霉属很容易区别。
2.真菌培养：毛霉目对营养没有特别要求，可在不含放线菌酮的常规真菌培养基上生长，原代分离培养基中应含有氯霉素或庆大霉素，推荐以葡萄糖作为碳源，以铵或蛋白胨作为氮源，一般以含抗生素的沙堡琼脂作为原代分离培养基，以马铃薯琼脂作为菌种保存和鉴别之用，硫胺是一些菌种唯一需要的生长因子，如伞枝犁头霉，大多数毛霉目产孢丰富，生长迅速，在几天内可将整个培养基充满，并推开盖子，然而，有些菌种如雅致节壶霉和脉管状瓶霉鉴别相对困难，因为原代分离中多不能产孢而需传代至马铃薯葡萄糖琼脂，产孢可以在营养缺陷的培养基中刺激，如玉米粉葡萄糖蔗糖酵母提取物琼脂等。
虫霉目在沙堡琼脂上菌落呈黄色至灰色，边缘受限，外观薄，蜡样光泽，上有放射状沟纹，接合孢子在培养10天左右典型，壁光滑，并可见由接合孢子生成的菌丝构成的龟嘴样结构，培养日久时可见较多的20～40μm大小的厚壁孢子，次生孢子由在分生孢子梗上的分子孢子直接生成。
组织病理：毛霉目感染的组织病理无明显特异性，常有水肿和中性粒细胞浸润，罕见强炎症反应，这是因为患者免疫力低下，可见宽的，缎带样的菌丝，直径7～15µm，直角分叉，有诊断价值，菌丝无隔或分隔极少，有时因为壁薄，菌丝可扭曲和折叠，似有许多隔，有时菌丝并不宽大，但仍有直角分支，偶可见到厚壁孢子，血管常受菌丝侵犯，导致邻近组织坏死，其他组织病理改变还包括伴急性和慢性浸润的坏死，并累及血管，血管浸润常导致血栓，阻塞和血管坏死，有时，通气良好的鼻部和肺部组织中可以见到孢子囊中轮廓清楚的小柱的孢子囊孢子。
近年来才将CT，磁共振，细针吸取等技术应用于诊断系统性或鼻脑型毛霉目感染，并用间接酶联吸附试验作病原学检测，但尚需积累经验。
