1.毛霉目感染：毛霉目感染发病急，进展快，死亡率高，临床特点是很快出现发热，组织坏死，不同的临床类型常与患者的基础疾病有关，该病的预后与基础疾病，感染类型及是否得到早期诊断和治疗有关，多见于糖尿病，饥饿，重度烧伤，静脉注射毒品和其他疾病如白血病，淋巴瘤，使用细胞毒药物或皮质类固醇激素等免疫抑制性治疗，使用去铁胺(一种铁螯合剂用于治疗铁过多)治疗和严重外伤，HIV阳性患者合并感染的发病率逐渐上升。
(1)鼻脑接合菌病：病原菌包括米根霉(最常见)，伞枝犁头霉，巴西果小克银汉霉，脉管状瓶霉，雅致节壶霉和拉曼毛霉，早期与慢性鼻炎相似，如鼻塞，头痛等，而后，鼻腔可流出暗红血性分泌物，鼻腔，鼻窦内可形成坏死性肉芽肿，侵犯眼部可引起眼睑水肿，眼肌麻痹，眼球突出，瞳孔固定，视力下降以至失明，一旦侵入颅内可迅速出现脑膜炎，脑炎等相应症状，脑神经往往受累，特别是Ⅴ，Ⅶ颅神经功能障碍，可出现面部疼痛，瘫痪等症状，随着病情进展，病原菌侵入较大的脑血管，引起栓塞和坏死，晚期患者可出现颅内高压及脑疝，多数导致死亡。
(2)肺接合菌病：病原菌包括米根霉(最常见)，伞枝犁头霉，巴西果小克银汉霉，微小毛霉，希伯来根霉(R.schipperae)，指示毛霉，因病原菌经呼吸道侵入肺所致，少数因吸入鼻脑接合菌分泌物继发，常见持续发热和迅速进行性肺部浸润，大多表现为非特异性支气管肺炎，当侵入肺动脉产生血栓和坏死时，出现胸痛，咳血痰和大咯血，肺部X线征象形态不一，可呈结节状，空洞，多数小斑片，也可为一般肺炎样改变，伴胸膜反应，胸腔积液等，本型多同时合并其他脏器毛霉感染，故其病程短，发展快，死亡率高达80%～90%。
(3)消化道接合菌病：病原菌包括伞枝犁头霉(最常见)，米根霉，无接合孢子根霉(R.azygosporus)，小孢根霉足根变种，指示毛霉，病变以胃，十二指肠为最多，约占该型的95%以上，慢性消化道溃疡是重要基础疾病，男女比例为10∶1，年龄21～70岁，病程4个月至30年，最常见症状是上腹疼痛，可伴恶心，呕吐等症状，继发于溃疡者，其腹痛规律，程度，频率均发生改变，按溃疡治疗效果不佳，胃镜检查可见巨大溃疡直径在3～5cm之间，表面覆以厚层污苔，钡餐显示巨大溃疡龛影，胃蠕动差，与胃癌鉴别十分困难，故胃毛霉病术前确诊率很低。
(4)皮肤接合菌病：病原菌包括小孢根霉足根变种，米根霉，微小根毛霉(最常见)，伞枝犁头霉，巴西果小克银汉霉，雅致节壶霉，脉管状瓶霉，小孢根霉小孢变种，小孢根霉少孢变种，卷枝毛霉，冻土毛霉，拉曼毛霉和总状共头霉，原发感染常由外伤，手术等引起，损害形态多样，有红斑，丘疹，斑块，脓疱，溃疡，坏死等，病程2个月～24年，一般不经血播散，预后较好，继发性感染多来自鼻，脑，肺或其他部位毛霉的播散，开始皮损为痛或不痛红斑，结节，逐渐扩大，以后中央出现溃疡，焦痂和干性坏死，周边呈灰白色，最外围是水肿性红斑，并逐渐向外扩展，病程短，预后差。
(5)新生儿接合菌病：视感染部位而不同，侵犯肠道可有呕吐，腹胀，血便等，若脑，肺，肝等受侵则出现反应差，呼吸困难，黄疸等相应部位非特异症状，由脐部创面而致肝坏死是新生儿感染的特点，因其常多个脏器受累，临床无特异症状，难与其他严重感染性疾病区别，病死率极高。
(6)其他：毛霉还可侵犯肾和子宫。
2.虫霉目所致感染：多为慢性炎症性或肉芽肿性疾病。
林蛙粪霉感染通常局限于下肢，胸，背或臀的皮下组织，主要见于男性儿童，开始损害表现为皮下结节，继而扩大，变硬，硬结化，无痛性肿胀，可在受累肌肉上自由移动但附着于皮肤，无溃疡但有色素沉着，系统性损害罕见，包括溃疡致患者硬腭穿透，胃肠道和肌肉感染。
耳霉感染主要局限于鼻黏膜下层，特征为息肉或明显可触及的局限性肉芽肿，多见于成年男性(80%病例)，感染通常始于鼻黏膜单侧，症状包括鼻塞，分泌物多和鼻窦区痛，在鼻或鼻周围区形成皮下结节，可导致广泛的面部肿胀，已描述的临床亚型包括肺部和系统感染。
感染早期诊断是成功治疗的关键，仅鼻脑感染临床特征较显著，故诊断主要依据真菌学检查及组织病理检查，该类菌为常见腐生菌，若从坏死组织，痰或支气管肺泡灌洗液中培养分离出毛霉应慎重考虑，但如果患者为糖尿病或免疫抑制患者，则培养阳性对诊断十分重要。
