肠道病毒71型可从多种临床标本中分离出来，包括疱疹液，粪便，口咽分泌物，尿和脑脊液，其中以疱疹液的分离率最高，脑脊液的分离率最低，分离培养阳性率以非洲绿猴肾细胞和乳鼠接种为最高，尽管在最适宜条件下，细胞病变也要到第5～8天才能观察到，血清特异性抗体检测有助于诊断。
严重脑神经损害患者，可出现脑电图异常。
