肠道病毒71型可引起多种临床表现，在澳大利亚，瑞典和日本，主要表现为手，足，口腔病，通常发生于1～3天的前驱性发热之后，未观察到严重的中枢神经系统疾病，而1975年在保加利亚发生的肠道病毒71型流行中，则以无菌性脑膜炎为主，21%病例表现为类似于脊髓灰质炎的急性瘫痪，病情发展迅速，起病后10～30h即出现瘫痪，约半数病例表现为脑炎或脑神经损害(延髓性麻痹)，确诊病例的总病死率为6.2%，其中29.5%为瘫痪性疾病，65%为延髓性麻痹。
在美国的罗彻斯特，纽约和日本，香港发生的小规模流行暴发中均观察到手，足，口腔病与严重中枢神经系统感染可发生于肠道病毒71型的同一次流行之中。
其他较少见的临床表现包括：全身性斑丘疹，心肌炎，传染性多神经炎和上呼吸道炎，曾有1例新生儿疾病具有肠道病毒71型的血清学证据的报道。
