1.血液：
患者血液中绒毛膜促性腺激素，甲胎蛋白及癌胚抗原可升高，术后可恢复正常，复发或播散时再度升高，国外报告11例生殖细胞瘤，所有病人血中绒毛膜促性腺激素或甲胎蛋白升高，故多数学者认为术前有绒毛膜促性腺激素或甲胎蛋白升高者预后不良。
2.脑脊液：
多数病人压力增高，部分病人脑脊液蛋白含量轻中度增高，脑脊液中绒毛膜促性腺激素或甲胎蛋白可明显增高，脑脊液细胞学检查有时可发现瘤细胞，70%病例脑脊液中可出现上皮样细胞，但并不一定意味着发生脊髓转移。
3.颅骨平片：均可显示有颅内压增高的征象，40%～60%的病人可有松果体异常钙化，尤其是当钙化发生在10～15岁的小儿时，钙化斑直径超过1cm，钙化向下后方移位者，均是诊断生殖细胞瘤的有力证据。
4.放射性核素扫描：连续脑闪烁断层核素扫描，绝大多数可见到核素在肿瘤中蓄积，直径大于1.5cm。
5.CT扫描：CT扫描可精确地确定其大小，部位及其周围关系。
平扫CT可见与脑灰质等密度或稍高密度，松果体区生殖细胞瘤钙化的几率较鞍区生殖细胞瘤高得多，当松果体区生殖细胞瘤生长过程中有时将钙化的松果体(呈弹丸状)包绕在其中，故钙化的“弹丸”可能在瘤内，也可在肿瘤的周边，常在侧方或后方，偶可被推挤至前方，肿瘤外形呈圆形，不规则型或呈蝴蝶形，后者在诊断生殖细胞瘤有着特征性价值，正常人松果体钙化率约为40%，而有生殖细胞瘤患者的松果体钙化率近100%;鞍上生殖细胞瘤可无钙化或细小的钙化。
增强CT：当CT平扫发现病变的情况下应立即注药做CT强化扫描，表现为中度到明显的均匀一致的强化，少数强化不均匀，可显示较小的囊变，故儿童或青少年，CT发现有松果体区稍高密度肿物，注药有均匀强化(少数可不均匀)，若有弹丸状钙化，则强烈提示为生殖细胞瘤，鞍上生殖细胞瘤位于中线漏斗和(或)垂体进入鞍内，侵犯神经垂体也不少见，鞍上生殖细胞瘤可为圆形或分叶状，CT平扫和增强与松果体区相似，但有的学者指出此部位的生殖细胞瘤鲜有钙化发生，除了上述“单发性”肿瘤之外，关于“多发性”的生殖细胞瘤，最典型的是在做CT检查时同时发现2或3个生殖细胞瘤。
CT检查对生殖细胞瘤有很大价值，尤其对肿瘤的钙化及脑室扩大或移位情况提供重要的资料，不同亚型的生殖细胞瘤有其特有的表现，有时结合临床，甚至可作出肿瘤定性诊断。
6.MRI检查：MRI对显示鞍上小的生殖细胞瘤(直径<1cm)或脊髓转移灶十分清楚;显示松果体区生殖细胞瘤常为圆形，椭圆形或不规则形，多数T1为等或稍低信号，T2为稍高信号，少数亦可为等信号;注药后均匀一致的强化，边界清楚，有时少数仅呈中度或不均匀强化，有报告20%～58%的生殖细胞瘤有小的囊变，这些囊变由于蛋白性液体或坏死液化所致，通常极小，有时在瘤内有小出血灶，在T1像为高信号;松果体区者可侵犯中脑和丘脑，在T2像上有周边模糊高信号影，MRI对肿瘤的种植或播散显示全面，除了T1及T2像的多发病灶显示清晰，而注药后病变明显强化，底节生殖细胞瘤也是T1等或低信号，而T2稍高信号，注药后可均匀强化，有的显示同侧皮层有萎缩现象。
