虽然男性较少会因为感染衣原体而出现并发症，但如果不加治理，病菌可能会令睾丸发炎疼痛，因而导致不育，若女性染有衣原体而处理不善，病菌可令盘腔发炎，引致不育，病菌又可以由孕妇传染给胎儿，令胎儿的眼睛或肺部受到感染，男女患有衣原体，可引致眼睛炎，关节炎及尿道发炎综合症。
