1.低血糖
恶性疟疾患者常并发低血糖，而且预后较差，低血糖可能由疾病本身引起，也可能是奎宁或奎尼丁抗疟治疗的一种副作用，低血糖的临床表现有时不典型，被错当成恶性疟疾本身的临床特点，如出汗，焦虑，意识模糊，昏迷，如果临床上怀疑低血糖，而又不能立即得到血糖测量结果，应立即给予50%葡萄糖进行实验性治疗，如果低血糖确实存在，那么这种实验性治疗会使症状明显改善。
2.酸中毒
在恶性疟疾患者中代谢性酸中毒的病理生理及其预后直到现在才受到重视，非洲恶性疟疾患儿中出现的呼吸窘迫综合征，以前或者未被认识，或者被错误地归因于重度贫血(其次为心衰)，现在认为主要是由乳酸在体内堆积和肾重吸收重碳酸盐障碍所致。
重症疟疾患者均会出现肾重吸收重碳酸盐障碍，另外，血容量减少和贫血同乳酸酸中毒也有一定关系，以前有人认为脑脊液乳酸盐升高的脑型疟疾患者预后较差，但临床情况并非如此，因代谢性酸中毒既可累及脑，也可不累及。
3.重度贫血
贫血是恶性疟疾常见的症状，疟疾是疟原虫对红细胞的感染，贫血是其必然结果，如果贫血特别显著，贫血本身也可看作是重症疟疾的一个诊断标准，在因疟疾而被收入肯尼亚医院的2433名儿童中，重度贫血(Hb<5g/dl)的发病率为29%，其致死率为18%，这高于8%的总病死率。
重度贫血如伴发呼吸窘迫，其症状将会特别严重，因重症疟疾而收住院的越南成年人中，重度贫血发病率为16%，90%的重度贫血患者伴有至少一种以上的重症疟疾的其他症状，并且重度贫血本身也不能作为一个预后差的有效指标。
4.肾功能衰竭
疟疾患者的肾脏损害形式多种多样，其中最重要的是“急性肾小管坏死综合征”，这种综合征类似于脓毒症时的肾脏损害，肾功能衰竭最常见于无疟疾免疫力的患者，偶见黑尿热。
在无疟疾免疫力的患者中，急性肾功衰竭(ARF)的发生率很高，在560例收住院的重症越南成年疟疾患者中，有158例(28%)入院时有肾衰，41%的患者在疾病的不同阶段出现肾衰，最后有14%的患者需透析治疗，入院时有肾衰的患者，其病死率较高(有肾衰的患者病死率为29%，无肾衰的患者为9.2%)，这一点同患重症疟疾的非洲儿童有明显不同，这些儿童的肾功能异常通常是亚临床性的，绝大多数不需透析治疗。
肾衰的患者最初的表现为少尿或无尿，多伴有黄疸和乳酸酸中毒，常需立即或早期透析，当疟疾急性阶段过后，如发生肾衰，多为非少尿性肾衰，很少需透析治疗，如这组患者需透析，其指证往往不是高血钾或水潴留，而是尿毒症或非乳酸酸中毒。
疟疾患者急性肾衰的临床特点，同细菌性脓毒症或低血容量引起的“急性肾小管坏死”综合征非常相似，表明二者的病理过程可能相同，从几个发生肾衰的疟疾患者身上所取的肾活检，显示肾小管的病理改变同ATN相一致，也支持上面的推论，而肾小球肾炎的报道却很少。
5.黑尿热
黑尿热临床特点是发热，大量的血管内溶血和血红蛋白尿，在严重的病例会导致急性肾衰，它的确切病因不清楚，没有任何一种单一的病因能够解释所有黑尿热病例，人们已经知道黑尿热仅发生于热带的疟疾流行区，并且同疟原虫感染，服用奎宁及6-磷酸葡萄糖脱氢酶缺乏有关系，但是这些因素如何导致溶血尚不清楚，以前，黑尿热曾是导致肾衰和疟疾患者死亡的主要原因，现在已很少见到。
6.黄疸
黄疸同ARF一样也非常常见，黄疸同肾衰，脑型疟疾，重寄生血症有一定关系，它是由溶血和轻度肝功异常联合作用而引起，患者不会发生伴扑翼样震颤的严重肝功能异常和肝性脑病，血清转氨酶有可能升高，肝功下降有可能导致乳酸酸中毒。
7.肺水肿
肺水肿是重症疟疾的严重并发症，常见于孕妇，如果没有机械通气设备，肺水肿常会致死，从临床来看，它类似于成人呼吸窘迫综合征，虽然液体过量可促进肺水肿，但患者的中心静脉压和肺动脉压通常是正常的。
8.血流动力学性休克(寒性疟疾)
血流动力学性休克是重症疟疾的一个严重并发症。
同细菌性败血症相同，其特点是全身血管张力降低，而心输出量升高或正常，休克通常是在其他严重疟疾并发症基础上发生的，常伴有血浆乳酸水平升高和代谢性酸中毒，预后很差，偶尔伴发细菌性败血症，但血培养通常是无菌的。
9.止血功能异常
重症疟疾患者发生出血的危险性增加，特别是当发生多系统功能异常时，鼻出血，牙龈出血甚至更为严重的上消化道出血都会发生，但危及生命的出血很罕见。
疟疾患者血小板减少常见，但血小板很少低于25000/μl，除非伴发特别严重的疾病，弥漫性血管内凝血的实验室检查通常是正常的。
