要控制和预防疟疾，必须认真贯彻预防为主的卫生工作方针，应针对疟疾流行的3个基本环节，采取综合性防治措施。
1.管理传染源
及时发现疟疾病人，并进行登记，管理和追踪观察，对现症者要尽快控制，并予根治;对带虫者进行休止期治疗或抗复发治疗，通常在春季或流行高峰前1个月进行，凡两年内有疟疾病史，血中查到疟原虫或脾大者均应进行治疗，在发病率较高的疫区，可考虑对15岁以下儿童或全体居民进行治疗。
2.切断传播途径
在有蚊季节正确使用蚊帐，户外执勤时使用防蚊剂及防蚊设备，灭蚊措施除大面积应用灭蚊剂外，最重要的是消除积水，根除蚊子孳生场所。
3.保护易感者
(1)服药预防：进入疟区，特别是流行季节，在高疟区必须服药预防，一般自进入疟区前2周开始服药，持续到离开疟区6～8周，下列药物可据条件酌情选用。
①乙胺嘧啶：4片每周1次，或8片每两周1次，长期服用可致巨细胞性贫血，还可产生耐受性，(乙胺嘧啶每片6.25mg)。
②哌喹或磷酸哌喹：服基质0.6g，每20～30天服1次，耐氯喹地区也可采用。
③复方防疟药：防疟片1号，含乙胺嘧啶20mg，氨苯砜100mg，第1，2天每天1片，以后每周1片，防疟片2号，每片含乙胺嘧啶17.5mg，磺胺多辛(周效磺胺)250mg，第1，2天每天2片，以后每10天2片，防疟片3号，含磷酸哌喹250mg，磺胺多辛50mg，每月1次，每次4片。
④氯喹2片，每10天1次，接受输血者可服氯喹每天(1片)基质0.15g，连服3～5天。
服用预防药物可出现一些副作用，如头晕，头昏，恶心，呕吐等，所以重症肝，心，肾疾病及孕妇应慎用或忌用，为防止耐药株产生，每3个月调换1次药物。
(2)自动免疫：虫苗正在研究与试用中。
