1.中枢神经系统并发症： 主要指AIDS脑病，小儿AIDS患者发生率较高，在围生期HIV感染儿中发生率约为23%，其发作常伴免疫缺陷的恶化，最严重的临床经过为亚急性脑病，常于症状出现后数周至数月死亡，其组织病理改变主要为脑萎缩。
2.其他并发症状： 消化系统常见消耗综合征，有资料表明，约0.5%的小儿AIDS发生恶性肿瘤，常见肿瘤类型为非霍奇金淋巴瘤，Kaposi肉瘤，B淋巴细胞性白血病，肝母细胞瘤等，小儿AIDS的心血管并发症近年已引起重视，伴随CD4 T淋巴细胞减少，可见渐进性左室功能障碍，机会感染(隐球菌病和曲菌病)和恶性肿瘤(Kaposi肉瘤)均可引起儿童和成人AIDS的心脏疾患，临床上可见充血性心力衰竭，心包填塞，非细菌性血栓性心内膜炎，传导紊乱和猝死等，亦可出现肾炎和肾病表现，HIV感染儿童的血液系统异常，常表现为白细胞减少，贫血和血小板减少。
尚有生长迟缓,肝脾肿大,淋巴结肿大,腹泻和慢性皮肤感染, 可发生严重败血症，机会性肺炎，间质性肺炎，脑膜炎，泌尿系感染，蜂窝组织炎，慢性中耳炎，慢性鼻窦炎，各脏器阿米巴病，结核菌感染，EB病毒感染，利斯特菌感染等。
