自发性感染在单纯性肾囊肿中罕见，而一旦发生就难以同肾痈鉴别。有时囊肿内可出血，突然发生时，可引起剧痛，出血可来自囊肿壁上伴发的癌肿。囊肿位于肾下极并紧贴输尿管时，可加重肾盂积水，而尿液对肾盂的压迫可引起背痛。这种梗阻还可以使肾脏发生感染。
肾囊肿还会引起一些其他疾病
1.蛋白尿：一般量不多，24小时尿内不会超过2克，故不会发生肾病综合征。
2.高血压：固囊肿压迫肾脏，造成肾缺血，使肾素分泌增多，引起高血压。在肾功能正常时，已有50%以上患者发生高血压，肾功能减退时，高血压的发生率更高。
3.肾功能减退：由于囊肿压迫、占位，使正常肾组织显著减少，肾功能进行性减退。
