1.消化道症状 腹泻每天数次或10多次，大便性状与病原有关，可呈稀水样便，黏液便，血样便，患儿常有食欲不振，腹胀，呕吐。
不同病原所致的新生儿流行性腹泻各有一定特点：
(1)大肠埃希杆菌肠炎：致病性大肠埃希杆菌肠炎大便为水样，蛋花汤样，有腥臭味;产毒性大肠埃希杆菌肠炎大便为稀水样;侵袭性大肠埃希杆菌肠炎大便呈黏液脓血样，有腥臭味，大便量不多。
(2)鼠伤寒沙门菌肠炎：大便性状多变，可呈水样，黏冻样，黑绿色或灰白色，有明显的腥臭味。
(3)轮状病毒肠炎：起病急，常发热，大便稀水样，量多，腥臭味可不明显。
(4)金黄色葡萄球菌肠炎：大便多为黄绿色，暗绿色，水样，有腥臭味。
(5)真菌性肠炎：大便呈黄绿色稀水样，或豆腐渣样，泡沫多。
2.全身症状 常有发热，精神萎靡，哭吵不安，严重者出现嗜睡，面色苍白，唇周发绀。
3.水，电解质平衡紊乱 新生儿腹泻常在短时间内发生脱水，酸中毒，低钠血症，低钾血症等并发症，严重者面色发灰，皮肤花纹，四肢发凉，尿少，出现休克。
4.其他 有些患儿同时伴有其他部位感染，如肺炎，中耳炎，尿路感染，鹅口疮，败血症等。
