大多数亚急性和慢性感染的病人起病隐袭，呈进行性发展，急性期以急性或亚急性起病者，大多数2周内症状达到高峰，主要是脑部受损征象，一般具有弥漫性脑损害的症状及体征，有的病例可有局灶性病变的临床表现，智能障碍明显且进展为痴呆。
1、前驱症状：部分病例在发病前，有上呼吸道感染或消化道症状，如头痛，微热或中度发热，部分病例体温正常，还可有恶心，呕吐，腹泻等。
2、精神障碍： 出现率可达81%，出现在病期的各个时期，甚至于构成本病的主要临床症状，以精神障碍起病的，往往与疾病高峰时的表现基本相似而程度较轻，以精神障碍为首发症状者，常被误诊为精神病，因此正确识别脑炎的症状实为必要。
(1)意识障碍：最多见，国内报道达90%，有的为首发症状，也可出现在其他精神症状之后，部分病例的意识始终是清晰的，意识障碍以嗜睡，朦胧，混浊，谵妄，错乱状态较多，随着病情的加重，可有昏迷，意识障碍在早期多呈波动性，一天之中时轻时重，病情加重时，意识障碍加深并呈持续性。
(2)精神分裂样症状：自言自语，联想障碍，情绪不稳，伤人毁物等精神运动性兴奋，有些病人精神活动减退，情感淡漠，反应迟钝，懒散，言语及活动减少甚至缄默不语，拒食，还可有重复及刻板言语，违拗等，呈亚木僵或木僵状态，其中有的经过1～2天运动兴奋进入木僵，有的则以木僵状态起病，后来发展成运动性兴奋，类似精神分裂症紧张型，而言语运动兴奋又类似精神分裂症青春型，有的幻觉妄想状态，幻觉以幻听为主，个别病人内容固定，持久，甚至迁延很久，还可有不固定的关系妄想，被害妄想，疑病妄想等类似精神分裂症妄想型，个别病例的亚木僵，木僵状态呈周期性发作。
(3)智能障碍：轻度记忆障碍，注意力涣散，错构，虚构，甚至严重的痴呆状态，部分病例记忆障碍非常突出，而且迁延较久，近记忆和机械记忆受累尤重，有人认为记忆障碍为单纯疱疹脑炎的特征之一。
3、躯体及神经系统症状及体征 神经系统症状可与前驱症状同时发生或间隔数天，或紧接着前驱症状出现。
脑神经损害可见中枢性面瘫，视盘水肿，以及其他脑神经损害的症状。
运动功能障碍中，约有半数病人以癫痫发作起病，其中以大发作最多见，其次为局灶性发作和肌痉挛发作，有的病人可有多种类型发作，发生率为27%～86%，瘫痪以偏瘫最多见，肌张力改变的发生率达40%～70%，多为锥体外系的，肌张力增高有易变的特点，时隐时现，时而上肢，时而下肢，腱反射亢进，少数为减弱，病理反射的检出率达50%～80%，多为双侧性，部分病人掌颏反射和吸吮反射阳性，在疾病进展期，常出现不随意运动。
脑膜刺激征约占30%～60%，大多数属于轻度或中度，病人表现颈部稍有抵抗或凯尔尼格征阳性。
自主神经功能障碍，出汗增多是本病特征性表现之一，病人经常汗如雨下，即使在寒冬也大汗淋漓，多汗约占20%左右，有的报道高达86%，出汗增加提示下丘脑受损，而且病情较重，其他有唾液分泌增多，颜面潮红，颜面油脂增多，国内报道大小便失禁较突出，尤以尿失禁更为常见，占30%～89%，且为早期症状之一，临床上尿失禁常提示是病毒感染伴发的脑炎实质受损征象，有些病人由于意识障碍而不能控制大小便，但有些病人意识清晰，依然出现小便失禁，这属于排尿功能障碍，故推论其病变可能影响了旁中央小叶，少数可表现为尿潴留。
儿童病例亦为散发，无明显季节性，病前1～2周，可有上呼吸道感染和消化道症状，以昏迷，抽搐突然起病者多见，主要症状为意识障碍，抽搐，癫痫，尿失禁，多汗，脑颅神经损害，肢体瘫痪，不自主运动，共济失调，病理反射阳性，脑膜刺激征阳性，有报道儿童病毒性脑炎时，全脑损害症状如意识障碍，抽搐或癫痫，阳性病理反射及脑膜刺激征等甚为突出。
急性单纯疱疹病毒脑炎(HSE)是一种最常见的散发的急性致死性脑炎，据报道可占病毒性脑炎的10%，而且在坏死性脑炎中占20%～75%，被认为是重症病毒性脑炎的主要原因，单纯疱疹病毒脑炎分为Ⅰ型和Ⅱ型，Ⅱ型多由生殖器黏膜感染，以婴儿多见，引起皮肤疱疹和脑炎，Ⅰ型则从口腔黏膜感染，通过嗅神经和三叉神经进入脑内，病变以颞叶和额叶为重，此型以成人为多。
1、急性或亚急性起病，病前1～2周有感染症状或明确的病前感染史，如有呼吸道或胃肠道感染史。
2、在运动兴奋或运动抑制的同时，伴有不同程度的意识障碍，可随疾病的进展而逐渐加深。
3、不同病期的精神症状及神经系统体征，特别是肌张力增高等锥体外系体征及多汗，小便失禁，临床上显示似病毒感染所致脑炎实质受损征象。
4、脑脊液压力及白细胞和蛋白质轻度升高或正常，但查不到细菌(包括结核杆菌等)感染的证据。
5、EEG有弥漫性异常(有些可局灶化)。
6、血清抗体滴度IgG明显增高(特别是恢复期比急性期高4倍以上)。
7、脑脊液查到病毒抗原或特异性抗体。
