十二指肠瘘发生以后，病人是否出现症状，应视与十二指肠相通的不同的空腔脏器而异，与十二指肠相交通的器官不同，内瘘给机体带来的后果亦不同，由此产生的症状常因被损害的器官的不同而差异较大，如十二指肠胆道瘘是以胆道感染为主要病变，故临床以肝脏损害症状为主;而十二指肠结肠瘘则以腹泻，呕吐，营养不良等消化道症状为主。
1.胃十二指肠瘘
胃十二指肠瘘可发生于胃与十二指肠球部，横部及升部之间，几乎都是由于良性胃溃疡继发感染，粘连，继而穿孔破入与之粘连的十二指肠球部，或因胃穿孔后形成局部脓肿，继而破入十二指肠横部或升部。
胃十二指肠瘘形成后，对机体的生理功能干扰不大，一般多无明显症状，绝大部分病人都因长期严重的溃疡症状而掩盖了瘘的临床表现;少数病人偶尔发生胃输出道梗阻。
2.十二指肠胆囊瘘
症状颇似胆囊炎，如嗳气，恶心呕吐，厌食油类，消化不良，有时有寒战高热，腹痛，出现黄疸而酷似胆管炎，胆石症的表现，有时表现为十二指肠梗阻，也有因胆石下行到肠腔狭窄的末端回肠或回盲瓣处而发生梗阻，表现为急性机械性肠梗阻症状，如为癌症引起，则多属晚期，其症状较重，且很快出现恶病质。
3.十二指肠胆总管瘘
通常只出现溃疡病的症状，有少数可发生急性化脓性胆管炎而急诊入院。
4.十二指肠胰腺瘘
十二指肠胰腺瘘发生之前常先有胰腺脓肿或胰腺囊肿的症状，故可能追问出有上腹部肿块的病史，其次，多数有严重的消化道出血症状，手术前不易明确诊断，Berne和Edmondson认为消化道胰腺瘘具有3个相关的临床经过，即胰腺炎后出现腹内肿块及突然出现严重的胃肠道出血，应警惕内瘘的发生;腹内肿块消失之时，常为内瘘形成之日，这个经验可供诊断时参考。
5.十二指肠结肠瘘
良性十二指肠结肠瘘常有上腹部疼痛，体重减轻，乏力，胃纳增大，大便含有未消化的食物或严重的水泻，有的病人伴有呕吐，可闻到呕吐物中的粪臭，结合既往病史有诊断意义，内瘘发生的时间，据统计从1周到32周不等，多数(70%以上)病人至少在内瘘发生3个月才被确诊而手术，内瘘存在时间愈长，症状就愈突然，后果也愈严重。
先天性十二指肠结肠瘘最突出的症状是腹泻，往往自出生即出现，病史中查不到腹膜炎，肿瘤和腹部手术的有关资料，由于先天性内瘘在十二指肠一侧开口位置较低，而且内瘘远端不存在梗阻，故很少发生粪性呕吐与腹胀，如无并发症，则不产生腹痛，要注意与非先天性良性十二指肠结肠瘘的区别。
若为恶性肿瘤浸润穿破所造成的十二指肠结肠瘘，除了基本具备上述症状外，病情较重，恶化较快，常同时又有恶性肿瘤的相应症状。
6.十二指肠肾盂(输尿管)瘘
临床上可先发现有肾周围脓肿，即病侧腰痛，局部有肿块，疼痛向大腿或睾丸放射，腰大肌刺激征阳性，以后尿液可有气泡，或者尿液混浊，或有食物残渣，以及尿频，尿急，尿痛等膀胱刺激症状。
如果有突然发生水样，脓性腹泻同时伴有腰部肿块的消失，往往提示内瘘的发生，此时腰痛减轻，也常有脱水及血尿，此外尚有比较突出的消化道症状，如恶心，呕吐和厌食，肾结石自肛门排出甚为罕见，未能得到及时治疗者呈慢性病容，乏力和贫血，有时可以引起明显的脓毒血症，病人始终有泌尿道的感染症状，有的病人有高氯血症的酸中毒。
宁天枢等曾报道1例先天性输尿管十二指肠瘘并发尿路蛔虫病，病人自4岁起发病到18岁就诊止，估计自尿道排出蛔虫达400条左右，该例经手术证实且治愈，原武汉医学院附属第一医院泌尿外科(1977)报道1例5岁男性右输尿管十二指肠瘘的病人，也有排蛔虫史，由于排蛔虫，首先想到的是膀胱低位肠瘘，很容易造成误诊，该例手术发现不仅右输尿管上段与十二指肠间有一瘘管，而且右肾下极1cm处有一交叉瘘管与十二指肠降部相通，实为特殊，故对尿路蛔虫病的分析，不能只局限于膀胱低位肠瘘的诊断。
