目前对真菌中毒还处于研究阶段，了解很不够，已知一种真菌可有几种毒素，而不同种真菌又可有相同毒素，所以真菌性食物中毒时往往出现相似的症状，一般来说，急性真菌性食物中毒潜伏期短，先有胃肠道症状，如上腹不适，恶心，呕吐，腹胀，腹痛，厌食，偶有腹泻等（镰刀霉菌中毒较突出），以后依各种真菌毒素的不同作用，发生肝，肾，神经，血液等系统的损害，出现相应症状，如肝脏肿大，压痛，肝功异常，出现黄疸（常见于黄曲霉菌及岛青霉菌中毒），蛋白尿，血尿，甚至尿少，尿闭等（纯绿青霉菌中毒易发生），有些真菌（如黑色葡萄穗状霉菌，岛青霉菌）毒素引起中性粒细胞减少或缺乏，血小板减少发生出血，有些真菌（如棒曲霉菌，米曲霉菌）中毒易发生神经系症状，而有头晕，头痛，迟钝，躁动，运动失调，甚至惊厥，昏迷，麻痹等，患者多死于肝，肾功能衰竭或中枢神经麻痹，病死率可高达40％～70％，慢性真菌性食物中毒除引起肝，肾功能及血液细胞损害外，有些种真菌可以引起癌症。
曾经报道几种真菌性食物中毒如下：
1、黄曲霉毒素中毒：主要是黄曲霉菌，还有一些其他曲霉菌和青霉菌含黄曲霉毒素，这些真菌主要寄生于花生，玉米，大米，小麦等谷物及油料，急性中毒主要产生肝，肾损害，食欲低下，黄疸，1周左右死亡，慢性中毒动物试验可致成肝癌，肾癌。
2、黄变米中毒：主要见于大米，也可发生在小麦和玉米，特点是米变黄色，由青霉菌（毒青霉，桔青霉，岛青霉等菌）引起，急性中毒表现为神经麻痹，呼吸障碍，惊厥等症状，可因呼吸麻痹死亡，慢性中毒发生溶血性贫血，并可致癌。
3、灰变米中毒：米外观为灰褐色，是由半裸镰刀霉菌引起，主要表现为胃肠道症状。
4、赤霉毒素中毒：小麦变红色，急性中毒潜伏期10分钟～36小时，有恶心，呕吐，眩晕等，症状消失亦快。
5、霉变苕渣粉中毒：由黄曲霉菌，桔青霉菌，黑曲霉菌，毛曲霉菌引起，表现为恶心，吐，不思食，面潮红，皮肤出血点，低热，腹胀，不泻，头昏，无力，反射消失等症状，最后瞳孔散大，心率减慢，死于呼吸，循环衰竭。
6、臭米面中毒：发生在我国东北各省（霉玉米粉中毒发生在我国西北），目前认为可能是有毒真菌（镰刀霉菌和青霉菌属）污染所致，中毒症状是：吐，泻，腹痛，头晕，头痛，精神不振，吐物多为咖啡色，粪便为粘液或血便，病后2～3日出现肝大，黄疸和蛋白尿，重者狂躁，抽搐，昏迷，黄疸加重，全身出血，血压下降，肝，肾功能衰竭而死。
7、霉玉米中毒：为镰刀霉菌及青霉菌属引起，主要见胃肠道症状。
8、食物中毒白细胞缺乏症： 首见于苏联，由镰刀霉菌引起，表现恶心，呕吐，呼吸加快，重者痉挛或心衰死亡，轻者经3～8天静止期后进入恶化期，白细胞下降，中性粒细胞减少，出现消化道溃疡和出血。
9、黑色葡萄穗状霉菌中毒：中毒后先有流涎，粘膜充血，而后进入静止期，白细胞下降，再后体温上升，见腹泻，脱水，粘膜坏死和出血，重症很快出现神经系症状，可于72小时内死亡。
10、霉变甘蔗中毒：检出病原主要为串珠镰刀霉菌和节菱孢霉菌，其所产生的毒素可以刺激胃肠道粘膜，损害颅脑神经，潜伏期15分钟～7小时，多数在食后2～5小时内发病，首发症状有恶心，呕吐，腹痛，腹泻，出汗，继而出现头痛，头晕，狂躁，惊厥，昏迷，谵妄，失语等，主要体征有眼球震颤，双眼向上凝视，颈抵抗，腱反射亢进，病理反射阳性，脑脊液常规及生化无异常，急性期后少数患儿留有后遗症，以椎体外系神经损害为主要表现。
