新生儿柯萨奇病毒感染的潜伏期可有很大差异，一般在生后7～14天，经宫内垂直感染者多在生后5天内发病，生后感染者多在5天后发病，潜伏期长短也与不同血清型，新生儿个体因素(胎龄，日龄，免疫状况等)有关，轻型新生儿CVB感染可无明显临床表现，而严重者可侵犯多脏器系统，甚而致死，CVB的不同血清型感染，可有相似的临床表现，而同一血清型的不同个体感染，其临床表现也有很大差异。
1.发热及败血症样表现：多数患儿起病急剧，出现发热，体温多在38℃以上，热型不规律，持续数天甚至10余天后逐渐恢复，发热期间可伴有激惹，吃奶少，呕吐，腹泻等神经，消化系统症状，随着体温恢复而好转，多数自愈，中，重度病例急期伴有败血症样全身表现，发病1～2天后可出现休克，黄疸，肝脾大，呼吸困难，抽搐，甚而有DIC，肺出血，心力衰竭，呼吸衰竭，急剧死亡。
2.心血管系统表现：此型多为CVB2～4感染，主要表现严重的心肌损害，此型多在生后5～9天发病，可先有发热，神萎，腹泻，拒乳，数天后出现心肌炎体征，出现心动过速，心脏扩大，奔马律，面色苍白，呼吸困难，血压下降等心力衰竭或心源性休克表现，心电图显示低电压，T波低平或倒置，P-R间期延长及各种心律失常，超声检查可有广泛心肌损害，如病情进展迅速，可危及生命，部分病例有惊厥，昏迷和肝损害者又称为脑-肝-心肌炎，此型病情危重。
3.多脏器系统功能损害：新生儿CVB的暴发流行感染的中，重型病例常伴有心，脑，肺，肝，肾，血液各系统多脏器损害，甚而出现多脏器功能衰竭(MOF)，中枢神经系统损害除昏迷，抽搐外，可有前囟张力增高，肌张力改变，反射异常等，脑脊液蛋白增加，糖，氯化物正常，细胞数一般在500/mm3以下，多数资料报道神经系统损害多在7～10天恢复，消化系统损害以胃肠道症状和肝损害为特征，可有腹胀，恶心，呕吐，肝脾肿大，肝功障碍，谷丙转氨酶(ALT)增高，黄疸，肾损害表现尿少，无尿，水肿，血尿，蛋白尿，氮质血症等急性肾功能衰竭表现，肺损害主要为肺炎和肺出血，临床可有呼吸困难，发绀，肺内啰音，胸片显示肺纹理增强，斑片状阴影，血液系统损害包括出血倾向，皮肤出血点，瘀斑以及血小板计数下降和DIC改变。
