复发性流产的患者中能够识别其病因的仅占50%，主要包括染色体异常、母体生殖道异常、母体内分泌异常、免疫功能异常、生殖道感染、宫颈机能不全及血栓形成倾向等。
1.染色体异常：包括夫妻染色体异常和胚胎染色体异常。常见的夫妇染色体异常为平衡易位、罗伯逊易位等。
2.母体内分泌失调
(1)黄体功能不全：占23%～60%，基础体温双相型，但高温相小于11日，或高低温差小于0.3，子宫内膜活检示分泌反应至少落后2日，黄体期孕酮低于15ng/ml引起妊娠蜕膜反应不良，2～3个周期黄体功能检测显示不足，方可纳入诊断，黄体功能不全影响孕卵着床。
(2)多囊卵巢综合征：复发性自然流产患者中，多囊卵巢综合症的发生率为58%。高浓度的促黄体生成素，高雄激素和高胰岛素血症降低了卵子质量和子宫内膜容受性。
(3)高泌乳素血症：黄体细胞存在泌乳素受体，高泌乳素抑制颗粒细胞黄素化及类固醇激素，导致黄体功能不全和卵子质量下降。有学者发现泌乳素可减少早期人类胎盘绒毛膜促性腺激素的分泌。
(4)甲状腺疾病：甲状腺功能低下与复发性自然流产相关。而且认为复发性自然流产与甲状腺抗体的存在相关(此类患者甲状腺功能多为正常)。
(5)糖尿病：亚临床或控制满意的糖尿病不会导致复发性流产，未经控制的胰岛素依赖型糖尿病自然流产率增加。
3.母体生殖道的异常
(1)子宫畸形：15%～20%复发性自然流产与子宫畸形相关。包括单角子宫、双角子宫、双子宫及子宫纵隔等。其中尤以子宫不全纵隔最易导致复发性流产。纵隔部位内膜发育不良，对甾体激素不敏感，血液供应差。
(2)Asherman综合症：宫腔体积缩小，对甾体激素应答下降。
(3)宫颈机能不全：引起晚期流产和早产，占复发性流产的8%。宫颈机能不全是指：孕期出现无痛性的宫颈管消失，宫口扩张。非孕期8号Hagar扩张棒无阻力通过宫颈内口。
(4)子宫肌瘤：黏膜下肌瘤及大于5cm肌间肌瘤的与复发性流产有关。
4.生殖道感染：0.5%～5%的复发性流产与感染相关。细菌性阴道病患者妊娠晚期流产及早产发生率升高;沙眼衣原体、解脲支原体造成子宫内膜炎或宫颈管炎可致流产。
5.免疫功能异常
(1)自身免疫抗磷脂抗体综合征(APS)：抗磷脂抗体阳性伴血栓形成或病理妊娠的一组临床征象。病因为抗磷脂抗体激活血管内皮和血小板等多种途径导致血栓栓塞，也可损伤滋养叶细胞。APS的特征为具有至少一个临床和实验室标准。临床标准为：①1次或多次确诊的血栓，包括静脉、动脉和小的血管的血栓;②妊娠并发症包括3次或以上小于10周的妊娠丢失;③1次或1次以上的大于10孕周的胎儿死亡或至少一次由于先兆子痫或胎盘功能不全所致的早产。实验室标准：抗心磷脂抗体(IgG或IgM)中度以上水平或狼疮抗凝因子及β2糖蛋白1抗体阳性。以上3项化验间隔6周至少重复2次。
(2)同种免疫妊娠是成功的半同种移植过程，孕妇由于自身免疫系统产生一系列的适应性变化，从而对宫内胚胎移植物表现出免疫耐受，而不发生排斥反应。如果免疫调节和抑制细胞失衡，如滋养细胞膜HLA—G表达异常，NK细胞亚群平衡失调，Thl/Th2平衡失调，保护性抗体和(或)封闭抗体异常，巨噬细胞分泌的细胞因子异常，母体对胚胎父系抗原识别异常而产生免疫低反应性，导致母体封闭抗体或保护性抗体缺乏、免疫排斥反应，流产发生。
6.遗传性血栓倾向
遗传性血栓倾向：如factorVLeiden基因突变和亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因表达异常，蛋白S、蛋白C缺乏导致血栓倾向影响胎盘的发育和功能。
7.其他
不健康生活方式与流产相关。有学者报道，每天吸烟超过14支的女性，流产风险较对照组增加2倍。酗酒、过量饮用咖啡因以及环境因素如有机溶剂和毒物等的影响。肥胖与早期流产与复发性流产相关。
