早期曾认为与病毒和细菌感染有关，但都没有确凿的证据。本病女性患者较多，病情波动与妊娠、更年期以及一些影响内分泌功能的药物有关。患者雌二醇，睾酮含量多低于正常人。
患者因环境、家庭、工作，个人生活等各方面原因，身心活动受影响，精神受到创伤，紧张、焦虑、抑郁等，使机体发生心理、病理、生化代谢等一系列变化、产生失调紊乱而致病。
有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。
现多认为扁平苔藓为免疫功能低下引起，可导致对一种未明病毒易感性，并提出患者存在体液免疫紊乱。另有学者考虑糜烂型扁平苔藓IgA水平较高，有免疫复合物沉积于基底膜区，说明在扁平苔藓发病过程中，有细胞免疫参与。
1.微量元素
在检测患者头发微量元素时，发现锌、碘等，均低于正常，而镍高于正常。
2.系统性疾病因素
扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，如糖尿病、肝炎、高血压、消化道功能紊乱等。
3.局部刺激因素
不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔黏膜苔藓样改变。
