肛管直肠周围脓肿有2大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿，简称瘘管性脓肿，较多见；一类与肛腺及肛瘘无关，称为急性非肛腺性非瘘管性脓肿，简称非瘘管性脓肿较少见；肛瘘大多由前者发展而来。肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核，克罗恩病，溃疡性结肠炎。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因，在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男性较女性增生明显，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高，而女性肛腺导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低，人到老年，与其他皮脂腺普遍萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。
肛瘘有原发性内口，瘘管，支管和继发性外口，内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位，瘘管有直有弯，少数有分支，外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内，外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。
一般单纯性肛瘘只有1个内口和1个外口，这类肛瘘临床上最多见，若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生感染，再次形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口，如此反复发作，使病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有1个内口与多个外口，但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要瘘管累及肛管直肠环或环以上者，虽然这种肛瘘只有1个外口及1个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘，相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。
