1.直肠指诊：在内口外有轻度压痛，少数可扪到硬结。
2.亚甲蓝染色法： 将白湿纱布塞入肛管及直肠下端，通过外口向瘘管内注入亚甲蓝1～2ml，然后取出肛管内纱布，根据纱布上有无亚甲蓝染色及染色部位来明确瘘管的存在及内口部位。
3.探针检查： 用探针通过外口插入管道，以明确瘘管的位置及内口所在，此法一般在手术时麻醉下进行，如操作不当或不熟悉此法可能造成假道形成。
4.瘘管造影： 自外口注入30%～40%碘油，X线摄片可观察瘘管分布，多用于高位复杂性肛瘘及蹄铁形肛瘘的诊断，Yang(1993)检查临床疑有肛管直肠脓肿或瘘管17例，6例临床上疑有脓肿，肛管超声AUS检查也有脓肿表现；另外82%(9/11)AUS查出有瘘管，而临床常规检查未能发现。
5.肛管超声： 对括约肌间瘘有时有确诊价值，但无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘。
6.MRI检查： Lunniss报道了35例此法检查结果，与手术结果一致率分别为：原发性肛瘘(85.7%)，继发瘘和脓肿(91.4%)，蹄形瘘(64.3%)，瘘内口80%，从而认为MRI检查时确诊肛瘘位置有极高的准确性，临床正确使用MRI不仅可以提高手术成功率，而且可监测复杂性肛瘘是否完全愈合。
