最常见的致病菌有表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌，其他常见的革兰阳性球菌还有肺炎球菌，链球菌和革兰阴性球菌，流感嗜血杆菌和莫拉菌，流感嗜血杆菌是儿童急性结膜炎中最常见的致病菌，正常情况下可存在于成年人的上呼吸道，细菌可通过多种媒介造成接触传染，如手，毛巾，水等，在公共场所，集体单位如学校，幼儿园及家庭中迅速蔓延，导致流行，尤以春季为甚，在各种呼吸道疾病流行时，致病菌也可通过呼吸道分泌物飞沫传播。
虽然正常的结膜暴露在多种多样的微生物中，但眼表的特异性和非特异性防护机制具有一定的预防感染和使感染局限的作用，泪液不仅能机械地刷洗眼表，清除潜在的病原体，还含有免疫球蛋白，溶菌酶等，能杀灭微生物和阻止细菌黏附在结膜表面，结膜表面的正常菌群也能释放抗生素样物质或代谢性产物以抑制病原体的增殖，另外，完整的眼表上皮和结膜基质中丰富的淋巴组织能充分提供细胞免疫学防卫作用，眼表温度较低也不利细菌生长，但有些因素可破坏这些防护机制，导致感染性结膜炎的发生，常见的危险因素有：眼干燥症，睑闭合不全，突眼以及不充分的瞬目等导致的眼球暴露，营养缺乏或吸收不良(如维生素A缺乏症)，眼局部或全身免疫抑制剂治疗后的免疫低下，泪道阻塞和感染，放射性损伤，外伤，手术，全身感染，外源性接种等。
