食物残渣容易吸引细菌，在细菌的作用下，它们会慢慢腐烂、变硬，形成结石。任何患扁桃体炎的人，都有形成扁桃体结石的风险。
高血压药物、止痛药和抗抑郁药物等处方药，也可造成扁桃体结石。这是因为这些药物产生的副作用会使嘴巴发干，这意味着扁桃体没有充足的唾液把食物和细菌冲走。当钙化食品、黏液和细菌形成的结块残留在扁桃体的凹陷处时，就会形成扁桃体结石。
成人患扁桃体结石的风险更大，因为他们的扁桃体更大;扁桃体表面凸凹不平，就像月球表面一样。随着扁桃体生长，这些“坑洼”会变得更大，使食物更容易残留在里面形成结石。
