1、病原诊断
⑴粪便检查用生理盐水涂片法检查滋养体，经碘液染色涂片检查包囊，也可用甲醛乙醚沉淀或硫酸锌浓集法检查包囊。通常在成形粪便中检查包囊，而在水样稀薄的粪便中查找滋养体。由于包囊形成有间歇的特点，故检查时以隔天粪检并连续3次以上为为宜。
⑵十二指肠液或胆汁检查粪便多次阴性者可用此法，以提高阳性检出率。
⑶肠检胶囊法让受检者吞下装有尼龙线的胶囊，线的游离端留于口外，胶囊溶解后，尼龙线松开伸展，3～4小时后到达十二指肠和空肠，滋养体粘附于尼龙线上，然后慢慢地拉出尼龙线，刮取附着物镜检。
2、免疫诊断
为辅助诊断，主要有酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接荧光抗体试验(IFA)和对流免疫电泳(CIE)等方法，其中ELISA简单易行，检出率高(92%～98.7%)等特点，适用于流行病学的调查。
鉴别诊断
鉴别诊断应考虑阿米巴痢疾、细菌性痢疾或其他原因引起的胃肠炎。以上腹部疼痛、肝大压痛、肝功能受损者则考虑胆囊炎、胆道感染和病毒性肝炎，反复查找蓝氏贾第鞭毛虫是鉴别的重要步骤。
