蓝氏贾第鞭毛虫感染的患者，以无症状带虫者居多。潜伏期多在两周左右，甚至可达数月不等。临床症状视病变部位而异，其表面多种多样，症状轻重也有不同。归纳起来，可分为全身性症状、胆道系统症状和肠胃道症状3类。
㈠全身性症状：
1.神经症状：如失眠、头痛、乏力、眩晕、眼发黑、出汗、神经兴奋性增强、肌腱反射亢进等较为常见。
2.甲状腺机能失调：曾有人发现部分(15.5%)蓝氏贾第鞭毛虫病患者的甲状腺机能有改变，其中以甲状腺机能亢进占大多数，基础代谢增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也会产生甲状腺机能亢进的症状。
㈡胆道系统症状：
蓝氏贾第鞭毛虫在胆道系统寄生，可以引起胆囊炎及胆管炎。主要症状为上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、恶心、嗳气、胃部烧灼感、肝脾肿大、有压痛，进食油腻时加重，有时可出现黄疸。
㈢胃肠道症状：
1.十二指肠炎型：有似十二指肠溃疡样疼痛，伴有纳差、低血压等。X线检查多显示球部变形，甚至有溃疡征。抗虫治疗后可以消除上述症状。
2急性或慢性阑尾炎型：症状与一般阑尾炎相似。切除的阑尾，呈炎性病变，粘膜有时可见溃疡，绒毛间可发现大量滋养体。
3.结肠炎型：主要症状有腹部钝痛，阵阵加剧，伴恶心、呕吐、腹泻，常被误诊为痢疾。
4.直肠乙状结肠炎型：与一般直肠乙状结肠炎同。用乙状结肠镜检查，可见弥漫性充血、水肿、严重者有圆形溃疡，溃疡表面覆有渗出性假膜。拭子检查可见大量滋养体。无特殊病理改变。
根据Schulz的324例临床观察，腹泻者占96%，疲乏者占72%，体重减轻者占60%，腹痛者占61%，恶心者占60%，稀软大便者占57%，腹胀者占42%，发热者占17%。据Wolfe报告，急性感染的症状为突然发作，有暴发性腹泻，水样大便，很臭，伴腹痛等。所以急性期症状很像急性阿米巴痢疾或细菌性痢疾及沙门氏菌属感染，应注意鉴别。有些患者出现亚急性感染症状，主要表现为间歇性稀便、腹部疼痛、食欲不振等。慢性患者最为多见，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，因患者不加重视，病程往往可长达数年。慢性感染的儿童每有体重减轻，发育滞缓，患者常有乳糖、木糖、维生素A和维生素B12以及脂肪吸收异常。
