1.严重水泻应与其他多种原因引起的腹泻进行鉴别，主要的有：①感染性腹泻，由细菌感染引起的腹泻比血管活性肠肽瘤病人的分泌性腹泻起病更急，大便镜检或培养可发现致病性细菌，而VIPoma病人的大便中无致病菌，②霍乱或副霍乱，霍乱起病较急，如未经治疗常急剧恶化，粪便培养有霍乱或副霍乱弧菌；而血管活性肠肽瘤病人则病程可长达数月，数年，粪便培养无上述细菌，③渗透性腹泻，这类腹泻可由食物吸收障碍或肠道渗透压负荷过大，如乳糖吸收不良等原因引起，与血管活性肠肽瘤的鉴别可通过禁食试验来进行，在禁食48～72小时后，渗透性腹泻者症状消失；而分泌性腹泻则持续存在，④其他功能性内分泌肿瘤也可有腹泻，但都有各自独特的临床表现可资特别。
2.血管活性肠肽瘤与胃泌素瘤的鉴别：胃泌素瘤病人的胃酸增高，溃疡素质，粪便中含钾量少等，可与血管活性肠肽瘤区别；而且胃泌素瘤病人经胃肠减压后常常能消除腹泻，而血管活性肠肽瘤病人虽经胃肠减压，腹泻仍无变化。
3.血管活性肠肽瘤与生长抑素瘤（Somatostatinoma）的鉴别：后者腹泻的主要是脂肪痢，与前者的水样腹泻明显不同。
4.血管活性肠肽瘤与类癌（Carcinoid）的鉴别：类癌病人也有腹泻，皮肤潮红等症状，但其血液中5-羟色胺，缓激肽水平升高，尿中5-羟吲哚乙酸（5-HIAA）含量增加，可供与血管活性肠肽病人鉴别。
