孤独症需要与其他的广泛性发育障碍以及其他儿童常见精神神经疾病进行鉴别。
1.与精神发育迟缓相鉴别
精神发育迟缓是以智力低下和适应能力缺陷为主要特征。一般是和善、可亲的，没有孤独等严重的社会交往障碍。重度精神发育障碍患儿常伴有外貌呆滞等特征，依此可与孤独症区别;部分儿童精神发育迟滞儿童可以表现有孤独症样症状，多数孤独症儿童亦表现精神发育迟滞。可以根据孤独症儿童的社交障碍、行为特征以及部分特别认知能力加以鉴别。
2.与儿童精神分裂症相鉴别
该病患儿一般发育正常，智力正常，具有情感、思维障碍或幻觉妄想等精神分裂症的征候，孤独症儿童不存在妄想和幻觉，鉴别不难。
3.与儿童注意力障碍多动综合征相鉴别
该病患儿主要以多动、注意力障碍为主要表现，智力正常或基本正常，无人际交往困难。
4.与阿斯伯格综合征相鉴别
阿斯伯格综合征是广泛性发育障碍的一种类型，患儿有社会交流障碍和重复刻板行为，但是在语言和认知能力方面发育正常，而且多数患儿可能在认知的某些方面表现为超常，尤其是对文字、地图、统计表等记忆方面;动作笨拙是该病的一个特征，在学校难于和同学建立友谊关系，通常仅仅在学龄期才被发现。较容易与高功能孤独症混淆，鉴别要点是高功能孤独症儿童存在语言发育迟缓，而阿斯伯格综合征患儿没有明显的语言发育落后现象。
5.与儿童瓦解性精神障碍相鉴别
又称婴儿痴呆或Heller综合征，患儿在至少两岁以前发育正常。之后出现明显而迅速的语言、社交、游戏和适应能力倒退，大小便失禁等，早期发病者与孤独症的鉴别相当困难。
6.与Rett综合征相鉴别
Rett综合征仅见于女孩，患儿在早期发育正常，在大约6-24个月左右起病，病情发展通常经历四个阶段，早期起病停滞阶段(6-18月)、快速倒退阶段(1-4岁)、假性停滞阶段(学前-学龄早期)和晚期运动衰退阶段(5-15岁)。在第一和第二阶段出现孤独症样表现，包括语言功能的丧失、特征性的手部刻板"洗手"动作、智力显著倒退和过度通气。但是该病患儿在第三四阶段表现有较为明显的神经系统症状和体征，例如肌张力减低、躯干共济失调和失用、脊柱侧突和后突，重症患儿出现强直状态，多数病例伴有癫痫发作。据此可与孤独症鉴别。
7.广泛性发育障碍
PDD-NOS可用于诊断那些轻型或不典型孤独症。
8.其他需要与孤独症鉴别的疾病还有注意缺陷多动障碍、严重学习障碍、选择性缄默症、感受性语言发育障碍等。
