新形隐球菌较其他病原微生物容易被发现，脑脊液的墨汁涂片及真菌培养极为重要，鉴于结核性脑膜炎，脑脓肿，部分治疗的化脓性脑膜炎，颅内肿瘤，其他真菌体脑膜炎的脑脊液改变均与隐球菌脑膜炎相似，故是鉴别诊断的重点，隐球菌脑膜炎和结核性脑膜炎及脑肿瘤的鉴别。
皮肤隐球菌病借损害特征，病理及真菌培养而与粉刺，传染性软疣，皮肤结核，孢子丝菌病或恶性肿瘤相鉴别。
肺部隐球菌病 应与肺炎双球菌引起的大叶性肺炎，肺结核及肺念珠菌病，肺曲霉病等肺部感染疾病相鉴别。
其他隐球菌病 皮肤隐球菌病应与孢子丝菌病，着色芽生菌病及各种慢性溃疡相鉴别，骨隐球菌病应与骨肿瘤相鉴别，隐球菌性败血症应与细菌性败血症相鉴别。
