尽管多数隐球菌感染具有一个自限性，亚急性或慢性过程，但艾滋病病人感染隐球菌则可表现为严重的进行性肺炎，伴有急性呼吸困难，其肺部X线征象类似肺孢子虫感染。弥散性皮肤受累可发生于任何被感染者，引起脓疱丘疹样小结，或溃疡形成，有时像痤疮，传染性软疣或基底细胞癌。播散病灶也可发生在皮下结节，长骨末端，关节，肝，脾，肾，前列腺及其他组织。典型的受累组织含有胶胨状的酵母菌囊块，此乃由隐球菌囊膜多糖堆积而成，但仅有轻微的或无急性炎症的变化，尤其是位于脑部的病变。
肺部原发性病变通常无症状，呈自限性。具有正常免疫功能的患者，临床上典型而单一的肺部病变有时可自愈而不发生播散，甚至不需要进行抗真菌治疗。肺炎通常引起咳嗽和其他非特异的呼吸道症状。在罕见的情况下，可发生伴有肾乳头坏死的肾盂肾炎。除皮肤病变外，骨，腹部脏器或其他组织局限性病变几乎无任何临床症状。
隐球菌性脑炎的症状多为脑水肿引起，通常无特异性，包括头痛，视觉模糊，精神错乱，抑郁，烦躁不安以及其他行为变化。除眼或面部麻痹外，灶性体征在病程的较晚期时才出现。失明可由脑水肿或视觉传导束直接受累引起。可有低热或不发热。艾滋病病人可有轻微症状或无症状，脑脊液除有许多酵母菌外其他参数可完全正常。但脑脊液蛋白增加和单核细胞淋巴细胞增多常见，也可见嗜中性白细胞显著增多。葡萄糖常偏低，多数病例的脑脊液涂片印度墨染色可见成孢酵母菌形成的窄基芽孢。90%以上的脑膜炎病人的脑脊液和/或血清中，可检测到隐球菌被膜多糖抗原。
隐球菌侵入人体的部位不同，临床表现亦不相同。
1.皮肤黏膜隐球菌病 10%～15%的隐球菌病患者出现皮肤损害，原发型较为少见，继发型多由系统性感染经上行播散而来。
(1)皮肤损害：表现为丘疹，水泡，脓疱，传染性软疣样丘疹，痤疮样脓疱;皮下组织肿块，浸润性结节，脓肿，蜂窝组织炎，水痘样皮疹，疖肿样损害，紫斑，疣状增殖，溃疡等,无特征性，表面可覆以粘性渗出性薄膜。
(2)黏膜损害：常发生在软腭，硬腭，舌扁桃体，牙龈，鼻中隔或咽部，上颌窦等处，由血行播散而来，或自皮肤扩展引起，表现为结节，肉芽肿或慢性溃疡等。
2.中枢神经系统隐球菌病 隐球菌侵犯中枢神经系统最常见，临床上可分4型。
(1)脑膜炎型：最常见，可呈急性，亚急性或慢性过程，表现为脑膜炎的症状，体征，起病多较缓，开始可为上呼吸道感染症状，轻度头痛，低热，体温波动在37.5℃～38℃，以后头痛逐渐加重，少数也可开始即现剧烈头痛，高热，伴恶心，呕吐，脑膜刺激征一般较明显，锥体束征多较轻且出现较晚。
(2)脑膜腔炎型：除脑膜受累外，尚有脑实质受累，故称为隐球菌性脑膜脑炎，隐球菌可侵犯大脑，小脑，桥脑或延脑，因脑实质受累部位的不同而有相应的脑灶性损害征象性癫痫发作等。
(3)肉芽肿型：较少见，是新生隐球菌侵犯脑实质后形成的一种炎症性肉芽肿病变，好发于大脑，小脑和脑干的脊髓部位，位于脑实质内的肉芽肿，可表现为脑部占位性病变的症状体征。
(4)囊肿型：由隐球菌刺激脑膜形成囊肿所致，蛛网膜可明显增厚，蛛网膜腔内可形成单个或多个囊肿，囊肿内为无色透明的液体，表现为颅内占位性病变。
3.肺隐球菌病 肺部是隐球菌侵入的门户 原发性肺部感染一般症状较轻，约有1/3病例无症状，又有自愈倾向，初发常有上呼吸道感染的症状，继而表现为支气管肺炎，可有咳嗽，咳痰，胸部隐痛，痰中可有多量菌体。
4.其他部位的隐球菌病 包括骨和关节以及前列腺，肝，脾，淋巴结等组织器官均可累及，但都较为少见，或常伴发于中枢神经系统隐球菌病及肺隐球菌病。
根据临床表现，真菌学检查—般可确诊，对于中枢神经系统性隐球菌病，采用胶乳凝集试验等方法检查隐球菌多糖抗原对早期诊断有较大参考意义。
