诊断
血清阴性的关节炎及复发性风湿症病人，如发生淋巴结肿大，中枢神经系统症状，玻璃体炎或腹泻时，应考虑到本病，根据病人出现的吸收不良综合征及其他器官系统受累的表现，淋巴结，小肠黏膜活检，以及典型的PAS染色阳性的巨噬细胞与小肠黏膜的病理特点，可以确诊本病。
鉴别诊断
1.盲襻综合征
从吸收不良综合征的角度看，本病易与盲襻综合征混淆，但后者常有腹部手术史或其他肠病，无关节症状及发热，若胃肠钡餐检查发现肠瘘，粘连，小肠短路等，则有助于本病的鉴别。
2.原发性吸收不良综合征
本病与原发性吸收不良综合征相比，二者虽在顽固性消化道症状，吸收不良所致的营养缺乏，维生素不足等方面相似，但原发性吸收不良综合征无淋巴结肿大，关节炎，发热及心肺改变，小肠黏膜活检标本无惠普尔病PAS染色阳性的巨噬细胞，胃肠钡餐检查也有明显的区别。
3.淋巴瘤
当淋巴瘤表现为发热，淋巴结肿大，腹泻和关节症状时，容易与惠普尔病相混淆，但前者小肠黏膜活检标本无PAS染色阳性巨噬细胞，胃肠钡餐检查也无惠普尔的X线表现，故很容易将二者区别开来。
4.系统性硬化症
有时以吸收不良，腹泻，腹痛为主要临床表现，酷似惠普尔病，但无色素沉着，对抗生素治疗也无反应，皮肤病理改变为硬皮病的典型特征，小肠黏膜及淋巴结活检标本也无PAS染色阳性的巨噬细胞。
5.阿狄森病
惠普尔病出现继发性肾上腺皮质功能不全时，应注意与原发性阿狄森病相鉴别，二者虽都有色素沉着，低血压，电解质失调，但后者无消化道症状，无前者特征性病理改变和小肠X线异常，也无关节炎，淋巴结肿大和心肺表现。
