1.血常规及血沉
几乎所有病人都有贫血，可为低血色素或正色素性贫血，也可为巨幼红细胞性贫血，约35%的病人血红蛋白低于70g/L，平均为79g/L，1/3的病人有白细胞增多，多数病人血沉增快。
2.大便检查
部分病人隐血试验阳性，由于脂肪泻，大便苏丹Ⅲ染色呈阳性。
3.生化学检查
多数病人有低血钙，胆固醇降低，胡萝卜素下降，当有继发性肾上腺皮质功能不全时，24h尿中17-羟皮质酮，17-酮皮质醇下降，血钾上升，血钠下降，多数病人可有低白蛋白血症。
4.免疫学检查
可有IgG，IgM，IgA下降，E-玫瑰花结形成数降低，淋巴母细胞转化率下降，类风湿因子阴性，LE细胞阴性，抗核抗体阴性。
5.脑脊液检查
本病累及神经系统时，可对脑脊液涂片行PAS染色，若有阳性发现即可确诊，此外，Maiwald M等报道，对脑脊液中Whipplelii菌进行培养获得成功。
6.消化道钡餐检查
显示十二指肠及空肠黏膜皱襞增粗(plicae circulares)，由于腹后壁淋巴结肿大，可引起十二指肠襻增大，胃及输尿管移位，超声，CT及MRI可显示腹部肿大的淋巴结及肠黏膜的粗大皱襞，CT及MRI亦可用于检查中枢神经病变，脑部受累时，可显示有占位性稀疏区，胸片有时可见纵隔或肺门淋巴结肿大阴影，肺纤维化，少数患者有肺叶实变及胸水，关节多示正常，偶有骨侵蚀，关节腔变窄，而关节僵直者少见，有时可显示骶髂关节炎，脊柱炎者少见。
7.内镜检查
在十二指肠和空肠黏膜上可见黄白色小结节或颗粒，大小为2～3mm，黏膜脆性增加，类似于白色念珠菌感染，这些结节是由充满巨噬细胞的粗大绒毛集聚而成，十二指肠或空肠黏膜活检，如发现有PAS阳性颗粒的巨噬细胞浸润，可确立诊断。
8.电镜检查
对患者的活检组织进行电镜检查可见到巨噬细胞内有小棒状菌，呈杆状，有三层膜，大小为(1～2)yD×0.2yD，即Whipple菌，是确诊的金标准，电镜还可以观察到巨噬细胞内细菌的退化。
