细菌性角膜炎的诊断可根据现病史，危险因素，原有的眼部及全身疾病综合考虑而确定，如前所述，多种因素可改变细菌性角膜炎的临床表现，抗生素治疗或抗生素-皮质类固醇联合治疗也可影响及改变就诊时的典型临床特征，确定细菌性角膜感染必须进行实验室诊断。
不同的类型的细菌引起的角膜感染临床症状不尽相同，不同类型的角膜感染主要的鉴别点在于临床表现以及依靠角膜细菌培养与鉴定结果，本病应与非细菌性角膜炎相鉴别，例如：长期的上皮缺损，尤其是角膜移植术后，可发展成类似感染性角膜炎的基质浸润，神经营养性或暴露性角膜病变可以发展成溃疡和基质炎症，单纯疱疹病毒性角膜炎，睑缘炎引起的非感染性免疫浸润，戴接触镜引起的浸润等，应注意与细菌性角膜炎相鉴别。
