1.病灶刮片检查 可对本病进行快速诊断，用消毒棉签采取睑缘和结膜囊标本或用Kimura或Lindner小铲从溃疡底部和边缘取材(分泌物或坏死组织)做涂片，甲醇或95%乙醇固定5～10min，然后做革兰和Giemsa染色，前者区别革兰阳性细菌(染成紫色)或革兰阴性细菌(染成红色)，后者所有细菌均被染成蓝色，还可清晰认别炎细胞和角膜上皮细胞，病灶刮片革兰染色后，可在直接镜检下根据细胞形态学观察，可迅速确定是哪种细菌感染，对于分枝杆菌和诺卡放射菌还可做抗酸染色。
2.细菌培养 该病的最终诊断必须通过细菌培养才能确定。
(1)血琼脂培养基：是最常用的固体培养基，适合于大多数常见的眼部细菌生长。
(2)增菌培养基：所采用的液体培养基有肉浸汤，肉膏汤，脑心浸汤等。
(3)培养厌氧菌用硫羟乙醇酸肉汤，血琼脂培养基等，在厌氧袋或厌氧箱中培养，培养箱温度为36～37℃。
(4)为提高细菌培养阳性率必须做到：
①在开始应用抗菌药物治疗之前进行培养。
②治疗中作培养时，患者应停用抗菌药12～24h后再作培养。
③必要时应多次重复取材培养，特别是在非致病菌机会感染时，在同部位多次分离得同一细菌时，就可确定分离菌为致病菌。
3.鲎溶解物试验(Limulus test) 基于革兰阴性杆菌细胞壁有可溶性脂多糖内毒素，细菌死亡时内毒素释放到感染组织中，用鲎阿米巴样细胞溶解物可在1h内快速检测铜绿假单胞菌，莫拉菌，黏质沙雷菌和变形杆菌等革兰阴性杆菌感染。
4.血常规检查 可以明确感染的程度。
