诊断标准
非结核分枝杆菌肺病的诊断需结合接触史，易感性，基础疾病，临床表现，胸部X线表现，病原菌检查，甚至病理组织学检查，作综合判断。
1.胸部X线检查 胸部X线平片常显示单，双侧上肺野纤维结节状阴影，当病情进展时病灶扩大融合，且边界模糊，并出现薄壁空洞，空洞周围浸润及播散病灶较少，慢性空洞呈厚壁和蜂窝状影，两肺下叶尖段病灶亦常见，糖尿病及其他免疫抑制者常表现为中，下野小结节状病灶，较少见胸腔积液，高分辨度胸部CT扫描能更清晰显示肺部病灶，以及伴随的多发性支气管扩张。
2.细菌学检查 痰和支气管肺泡灌洗液涂片和培养为最常见的检查方法，涂片抗酸染色(Ziehl-Neelsen)阳性，但检出率低，且不能与结核分枝杆菌作鉴别，需作培养和生化检查如烟酸试验，过氧化氢酶试验和芳香硫酸酯酶活性等。
但检验费时，不能及早得到检验结果，近年有一些快速培养和菌型鉴定方法已有临床应用，例如BACTEC液体放射核素培养基结合核酸探针，可以显著节省检测时间，对常见的鸟复合分枝杆菌，堪萨斯分枝杆菌等能提供迅速，准确的诊断，但由于基因的异质性，因此对某些结核分枝杆菌检测的敏感性不高，非结核分枝杆菌对常用抗结核药物的耐药发生率高，因此应作耐药性测定。
由于非结核分枝杆菌肺病临床表现往往与肺结核相混淆，影响诊断和治疗，因此“肺结核"患者有下列情况时，在进行抗结核药物治疗的同时，应作非结核分枝杆菌检查。
(1)痰培养阳性，但菌落形态及发生情况与人型结核杆菌不符。
(2)初治患者首次分离出分枝杆菌对一，二线抗结核药物耐药。
(3)患者经用各种抗结核药物治疗无效，痰菌持续阳性。
(4)新发现肺结核病患者，病变广泛有空洞而症状轻微，经正规化疗3～6个月仍排菌，或无空洞的浸润病变，经正规化疗6个月以上仍排菌者。
(5)伴有免疫缺陷的肺病患者，如糖尿病，硅沉着病，长期使用免疫抑制剂及HIV/AIDS患者。
(6)痰中发现抗酸杆菌，而临床表现与肺结核不相符者。
3.非典型(非结核)分枝杆菌肺病诊断试行方案(中华医学会结核病科学会，1988年)
(1)胸片：有异常阴影，病变常与排菌有平行关系，且已除外肺结核感染者。
(2)细菌检查：
①新发现病例1个月内3次培养中2次有同一病原性分枝杆菌。
②慢性肺部病变患者6个月内每月作1次痰培养，3次以上证明为同一种病原性分枝杆菌。
③在经灭菌消毒的穿刺物，活检，手术标本，活检肺病灶中发现的非结核分枝杆菌，而无其他致病菌者(注：诊断为细胞内分枝杆菌感染，痰培养菌落至少有1次在100以上)。
4.非结核分枝杆菌病的诊断标准(美国胸病学会，1997)
(1)临床标准：
①临床症状，体征：常见咳嗽，疲乏，病情较重者有发热，体重减轻，咯血和气促，有基础病者临床症状恶化。
②排除其他疾病：如结核，肿瘤，组织胞浆菌病。
(2)X线标准：
①浸润性病灶，伴有或不伴有结节性病灶(持续≥2个月，或有进展);空洞性病变;单个或多个结节。
②HRCT示多个小结节或多灶性支气管扩张有或不伴有肺部小结节。
(3)细菌学标准：
①1年内至少有3份痰或支气管灌洗标本，其中3次培养阳性，而AFB涂片阴性，或2次培养阳性，1次AFB涂片阳性。
②若仅得到1份支气管灌洗标本，未能得到痰标本，培养阳性，同时涂片阳性达 。
③若痰或支气管灌洗液标本提示未能确诊或未排除其他疾病，经支气管活检或肺活检做细菌培养及组织病理学检查得到阳性结果。
HIV血清实验阴性患者发病的危险因素包括：局部免疫抑制，如酒精中毒，支气管扩张，发绀性心脏病，囊性纤维化，肺纤维化，吸烟及慢性阻塞性肺病，全身严重免疫抑制，如白血病，淋巴瘤，器官移植和其他免疫抑制剂治疗，HIV血清试验阳性，CD4<200。
鉴别诊断
非结核分枝杆菌肺病主要与肺结核鉴别。
若肺部阴影呈结节状或球形，应与肺部良恶性肿瘤相鉴别。
