非结核分枝杆菌可引起肺部和肺外病变，临床表现不一，非结核分枝杆菌肺病临床表现酷似肺结核，多数病人起病较缓，有咳嗽，咳痰，痰血，低热，消瘦和乏力等，亦可无明显症状或仅略有咳嗽，咳痰，而由肺部X线检查发现病变，亦可有高热，畏寒，咳嗽，胸痛，类似肺部急性感染，部分人因合并其他肺部病变，如慢性阻塞性肺病，支气管扩张症，囊性纤维化，肺结核，肺尘埃沉着病，或合并全身疾病，如糖尿病，或因长期使用糖皮质激素类药物，以致临床表现互相混淆，不易辨别，HIV感染及AIDS患者并发非结核分枝杆菌肺病或播散性非结核分枝杆菌病临床表现更不典型。
非结核分枝杆菌肺外病变包括：淋巴结炎，皮肤软组织感染，骨关节病变，生殖系统，消化系统和神经系统病变，及全身播散性病变。
