Ⅰ型诊断主要根据血清非结合胆红素明显升高，且无溶血证据，肝功能及肝穿刺活组织检查正常，Ⅱ型：因肝内BGT部分缺乏，用苯巴比妥治疗可降低血清胆红素浓度，临床上可视其对酶诱导剂的治疗反应，来鉴别Ⅰ型或Ⅱ型克里格勒-纳贾尔综合征。
需与感染，新生儿ABO溶血病，Rh溶血病等所引起的新生儿溶血性黄疸鉴别。
