诊断
真菌性肠炎的诊断比较困难，临床病例多数被漏诊或误诊，有些直到尸检时才被发现，一是由于临床症状一般不严重，缺乏特征性表现，少数甚至无明显腹 泻，如曲菌肠炎;二是由于实验室检查中具确诊意义的项目不多，有些项目又难以推广应用，因此，真菌性肠炎的诊断需要运用多种方法，结合临床经验作综合分析。
1.临床诊断
组织胞浆菌和副球孢子菌肠炎具有地方流行性，患者多为流行区居民或曾去流行区旅行，条件致病性真菌在正常情况下不致病，只有当人体免疫功能低下时才引起发 病，如念珠菌，曲菌，若临床表现不能用细菌性或病毒性感染来解释，抗生素治疗反而使症状加剧，腹泻迁延不愈，同时还存在与免疫功能低下有关的基础疾病或其 他诱因如广谱抗生素和免疫抑制药的应用等，应考虑真菌性肠炎的可能，及时作粪标本病原学检查或肠镜活检，对腹泻伴有鹅口疮的患者更不可忽视，必要时应用抗真菌药做诊断性治疗。
2.病原学诊断
包括真菌形态学检查和真菌培养，若粪标本直接镜检发现大量菌丝和孢子，并排除污染因素可确诊为真菌性肠炎，仅有少量孢子则可能为正常带菌，意义不大，真菌 培养需连续3次阳性并为同一菌种，结合临床方可确诊，对于双相型真菌，需分别在25℃和37℃条件下培养并染色镜检，以鉴定真菌形态，或进一步做动物接种 试验以鉴定真菌的致病性。
3.病理学诊断
通过临床诊断和病原学诊断仍不能确诊的患者，肠镜活检是最后手段，在病理切片中找到菌丝和孢子，是真菌感染的直接证据，且曲菌，毛霉菌等真菌感染的病理变化又颇具特征，有诊断意义，肠活检结果还可经动物接种试验出现类似病理改变，来加以证实。
4.免疫学诊断
以检测真菌循环抗原最具诊断意义，但往往因交叉反应而不能确定菌种，试验阳性提示曾经感染，适用于流行病学调查，对急性感染的诊断价值不大，特异性检测则常常由于患者伴有免疫功能低下而出现假阴性，应用范围有限。
鉴别诊断
1.真菌性肠炎
与常见腹泻病的鉴别细菌性痢疾是最常见的肠道传染病之一，地丝菌肠炎不易与之鉴别，局限性肠炎和溃疡性结肠炎则容易与组织胞浆菌肠炎混淆。
(1)霍乱：大流行现已少见，多为局部暴发流行，患者有剧烈吐泻，吐泻物呈米泔水样或黄水样，无腹痛，不发热，常迅速出现严重脱水和微循环衰竭，吐泻物直接镜检可见大量呈鱼群样运动的弧菌。
(2)细菌性痢疾：终年均有发病，多见于夏秋季，主要病变是结肠的化脓性炎症，患者呕吐少，常有发热，腹泻伴腹痛，里急后重，左下腹压痛，大便混有脓血，镜检可见红细胞，脓细胞和巨噬细胞，培养有痢疾杆菌生长。
(3)阿米巴痢疾：以散发为主，患者常隐匿起病，腹泻轻重不一，毒血症少，腹痛与里急后重不明显，与真菌性肠炎颇为相似，但粪便与脓血不混合，典型者呈果酱样，腥臭，镜检以红细胞为主，可见吞噬红细胞的阿米巴滋养体和夏科-雷登结晶，乙状结肠镜检见肠黏膜散在溃疡，边缘整齐，充血隆起，溃疡间黏膜正常，溃疡涂片或活检可见滋养体。
(4)伤寒与副伤寒：副伤寒丙可呈胃肠炎型发作，但病程短，预后好，多在3～5天内恢复，伤寒与副伤寒甲，乙以高热，全身毒血症症状为主，可伴有腹痛，但腹泻少，血或骨髓培养有伤寒或副伤寒杆菌生长即可确诊。
(5)局限性肠炎：或称Crohn病，通常病史漫长，有明显发作与缓解交替出现的现象，X线钡餐显示病变以回肠末端为主，有边缘不全的线条状阴影，病变呈节段分布，间以扩张的肠曲，即所谓脱漏征。
(6)溃疡性结肠炎：临床表现为反复发作的腹泻，脓血便，可伴有发热，病变以乙状结肠，直肠最为严重，或累及整个结肠，肠镜检查可见肠黏膜充血，水肿及溃疡形成，黏膜松脆易出血，粪培养无致病菌生长，晚期病例X线钡餐显示结肠袋消失，肠管呈铅管样变化。
(7)难辨梭状芽孢杆菌性肠炎：两者均常出现于应用抗生素治疗之后，难辨梭状芽孢杆菌多引起假膜性肠炎，其特征是结肠黏膜深处坏死性炎症，出现渗出性斑或形成大片假膜，病原学检测可以鉴别。
(8)其他腹泻：过敏性腹泻有进食鱼虾或接触变应原史，既往有类似药物性腹泻有服用泻药史;酶缺乏性腹泻有遗传病家族史，通过详细询问病史，结合粪病原学检查，均不难鉴别。
值得注意的是，对于细菌性肠炎和病毒性肠炎，通常以粪标本中找到病原体为主要鉴别依据，而对于真菌性肠炎，即使粪培养有真菌生长，仍难以确诊，因为粪标本很容易被真菌污染，而且，有些真菌属于肠道正常菌群。
2.不同类型真菌性肠炎
之间的鉴别组织胞浆菌和副球孢子菌肠炎为地方性流行病，在我国少见，鉴别意义不大。
