根据病史及临床表现，诊断并不困难，美国精神学会出版的精神疾病诊断统计手册第4版中，分离性焦虑症的诊断标准如下 ：
1.≥3个以上的下述焦虑症状
(1)离开家或亲近的人出现过分的痛苦。
(2)持久和过分的忧虑失去亲近的人，或灾祸可能降临于亲近的人。
(3)持久和过分的忧虑不祥的事导致与亲近的人分离。
(4)由于害怕分离，出现持久的拒绝上学或去其他地方。
(5)没有亲近的人陪伴，或在其他情境中没有成人做伴，经常过分害怕，或不愿独自一人。
(6)没有亲近人的陪伴，常拒绝上床睡觉，或不愿离家睡觉。
(7)因害怕分离而出现反复的梦魇。
(8)当与亲近的人分离时有反复的躯体症状如头痛，胃痛，恶心呕吐等。
2.病情至少4周。
3.疾病发生在18岁之前。
4.症状明显影响社会交往，学习或其他重要的功能。
5.该疾病排除广泛性发育障碍，精神分裂症，或其他神经症。
鉴别诊断
1.广泛性焦虑症
患儿焦虑的范围大，主要是对自己的能力，外貌及所做的事过分担忧，而分离性焦虑症却主要因分离所致的焦虑。
2.强迫症
此症患儿在离家时也可有焦虑，但这常常是一种特殊的强迫或仪式样症状，这类患儿因此不愿离开家庭，此外，强迫症患儿也有担忧父母安全的焦虑，但这种想法是非理性的，即使父母在眼前也不能解脱，而且患儿还会害怕自己对父母的侵犯性冲动行为。
3.学校恐怖症
儿童在学校中有意外创伤后，产生害怕学校环境而拒绝上学，这与年幼儿童分离性焦虑而拒绝上学是有区别的，后者是因为害怕分离所致。
