诊断
存在引起本病危险因素的小儿，一旦出现相关的临床表现及X线检查改变，即可做出较肯定的诊断。
1.病史和临床表现：对有高危因素的早产儿，要密切观察腹胀和肠鸣音变化，出现呕吐，腹胀，腹泻和血便等表现时，应立即拍摄腹部X线片和大便潜血试验。
2.粪便检查：对早产儿(已开始喂养)的大便作隐血筛查或还原物检查，可帮助早期诊断坏死性小肠结肠炎，隐血阳性，有白细胞和红细胞，大便细菌培养有和血培养一致的细菌。
3.血培养：新生儿坏死性肠炎，血培养有一定阳性率，应重视此项检查。
4.腹部X线检查：是诊断NEC的主要手段，对怀疑NEC者要及时摄腹部X线正侧位平片，随访和观察动态变化。
对有些腹胀，呕吐的小儿，X线检查仅有胃肠道动力性肠梗阻改变，并无肠壁积气者，并不能除去本症的轻型早期，应严密随访，重复X线检查,位置固定的扩张肠段提示坏死性小肠结肠炎的存在,坏死性小肠结肠炎的X线诊断为肠壁积气和门静脉积气,气腹提示肠穿孔,需要急诊外科手术治疗，最重要的是需要不断重新评估婴儿(如至少6小时1次)和连续的腹部X线检查,全血细胞计数,血小板计数和血气分析。
鉴别诊断
1.中毒性肠麻痹：当原发病为腹泻或败血症时，甚易把NEC误诊为中毒性肠麻痹，但中毒性肠麻痹无便血，X线片上无肠壁间积气等。
2.机械性小肠梗阻：X线腹片上，液面的跨度较大，肠壁较薄，无肠间隙增宽，模糊，无肠壁积气，再结合临床则易区别。
3.肠扭转：肠扭转时机械性肠梗阻症状重，呕吐频繁，腹部X线平片示十二指肠梗阻影像，腹部密度均匀增深，并存在不规则多形气体影，无明显充气扩张的肠曲。
4.先天性巨结肠：早期NEC表现为小肠大肠普遍胀气时应与先天性巨结肠鉴别，后者以腹胀，排便困难为主，无血便，X线动态观察腹部变化无肠壁积气征，结合临床较易鉴别。
5.新生儿出血症：生后2～5天可以出现胃肠道出血为主表现，需鉴别，新生儿出血症有生后未给予维生素K注射史，腹部不胀，腹部X线平片无肠腔充气和肠壁积气，维生素K治疗有效。
6.胎粪性腹膜炎：个别病例的腹部X线平片偶可见散在小囊泡样肠壁积气影，但可有典型的异常钙化影，再结合临床不难鉴别。
7.自发性胃穿孔：多由于先天性胃壁肌层缺损引起，常发生于胃大弯近贲门处，大部病儿出生时有缺氧史，发病突然，生后3～5天突然进行性腹胀，伴呕吐，呼吸困难和发绀，X线平片腹部仅见气腹，无肠壁积气或肠管胀气。
