1.荧光抗体染色技术：取病变区的感染细胞或房水细胞，直接用荧光抗体染色检查，在被感染的细胞质或细胞核内可以找到特异的颗粒荧光染色，能在1～2小时做出快速诊断。由于标记荧光抗体有型的特异性，故在荧光显微镜下还可区分出Ⅰ型或Ⅱ型病毒。
2.病毒分离：是本病最可靠的病因诊断，采用的方法如下。
(1)小鼠脑内接种：最常用、最敏感，小白鼠在2～3天内患疱疹性脑炎死亡。
(2)鸡胚绒毛尿囊膜接种：Hela、VERO、FL、Hepz等各种传代细胞培养，均适于疱疹病毒繁殖，24～48小时发生细胞病变，出现明显的肿胀圆细胞灶。
3.刮取物接种兔角膜：有一定诊断价值，但经济代价较高。
4.细胞学检查：取角膜、结膜或眼睑水泡的刮取物做HE染色检查可发现有多核巨细胞、核内包涵体及风般样上皮细胞，此法仅能证实病毒感染，而不能区分是否HSV感染。
5.电镜检查：可在感染的细胞内查到病毒颗粒，本法快速简便，但不能与带状疱疹病毒相区别。
6.血清学检查：取急性期及恢复期双份血清作中和抗体效价的测定，若上升4倍以上即可确诊。本法仅适用于原发感染者，继发感染者在发病前血中已有较高的中和抗体，故临床应用价值不大。
7.免疫功能状态的检查：包括体液免疫血清(免疫球蛋白)和细胞免疫的检查，尤其是后者越来越受到重视。采用的方法有玫瑰花结试验、淋巴细胞转化试验和白细胞移动抑制试验。也有人利用非特异性抗原，如植物血凝素(PHA)、纯化蛋白衍生物(PPD)、链激酶-链道酶(SK-SD)、念菌素、腮腺素等做皮内注射，观察其迟发性皮肤过敏反应。此法虽非特异性，但方法简便，具有一定价值。
8.其他方法：荧光素通透系统数是一种新的诊断方法，将荧光素电离子导入眼后18小时，用荧光计测量房水内含量，对了解角膜上皮及内皮的功能有一定价值，特别是对变性疱疹更具有诊断意义。
本病临床表现复杂，除了典型的树枝、地图及盘状角膜病灶形态外，还有一些不典型的临床改变，因此给诊断和治疗带来很大困难。各型不仅具有独特的临床特征，而其发病机制及治疗原则也不尽相同，染色各型之间是可以相互转化的，决定这种转化的因素非常复杂，除了与HSV的型和毒株及宿主的免疫功能(主要是细胞免疫)有关外，还与治疗方法有关(特别是皮质类固醇的应用)。
