1.血象 白细胞总数增高，一般在(10～20)×109/L左右，个别可达40×109/L，这与大多数病毒感染不同，白细胞分类中可见中性粒细胞高达80%以上，并有核左移，2～5天后淋巴细胞可占优势，部分患者血象始终正常。
2.血清学检查
(1)特异性IgM抗体测定：
①免疫荧光技术：用间接免疫荧光法测乙脑特异性IgM抗体，阳性率高，可达97%，有快速敏感的特点。
②捕获法ELISA(MAC-ELISA)：近年采用MAC-ELISA法检测乙脑特异性IgM具有较强的敏感性与特异性，阳性率为74.4%，其中在病程第4天出现阳性者为93%，可用于早期诊断。
③ABC-ELISA：检测乙脑特异性IgM抗体敏感，阳性率高，可达到75.3%，用于早期诊断。
(2)血凝抑制试验：血凝抑制抗体于病程第5天出现，第2周达高峰，可维持1年以上，血凝抑制试验的阳性率可达81.1%，高于补体结合试验，但有时出现假阳性，是由于乙脑病毒的血凝素抗原与同属病毒如登革热及黄热病病毒等有弱的交叉反应，故双份血清效价呈4倍以上升高或单份效价达1∶80以上可作诊断依据，此法操作简便，可应用于临床诊断及流行病学检查。
(3)补体结合试验：敏感性和特异性较高，抗体出现时间较晚，病后2～3周才开始出现，5～6周达高峰，故不能作早期诊断，一般多用于回顾性诊断或流行病学调查，抗体维持时间约1～2年，抗体效价以双份血清4倍以上增高为阳性，单份血清1∶2为可疑，1∶4或以上为阳性。
(4)中和试验：中和抗体于发病后第2周出现，持续2～10年，特异性高，但方法很复杂，仅用于人群免疫水平的流行病学调查，不作临床诊断用，近年来，中和试验已为其他测定乙脑病毒抗体的方法所替代，很少采用。
(5)其他血清学方法：如特异性白细胞黏附抑制试验(LAIT)，蚀斑减少中和试验(PRNT)检查急性患者血清，其阳性率都比较高。
(6)乙脑病毒抗原测定：用McAb的反向被动血凝法测急性期血清中乙脑病毒抗原阳性率71.5%，是目前较好的快速诊断方法。
3.脑脊液检查
(1)脑脊液常规检查：除压力增高外，外观无色透明，偶呈轻微混浊，白细胞计数多数轻度增加，多在(50～500)×106/L之间(约占80%)，少数可达1000×106/L以上，也有极少为正常者，白细胞计数的高低与预后无关，病初2～5天以中性粒细胞为主，以后则以淋巴细胞为主，蛋白轻度增高，糖正常或偏高，偶有降低，氯化物正常，约有2%～4%的乙脑患者脑脊液常规和生化检查正常，此外，在起病1～2天内脑脊液天冬氨酸转氨酶(AST)活性常增高，对于判断本病预后，脑组织损害有参考意义，脑脊液有变化者需10～14天才恢复正常，个别病例需1个月。
(2)乙脑抗原测定：采用反向间接血凝法(IRHT)测早期脑脊液中的抗原，阳性率为66.7%，本方法灵敏，简便，快速，不需特殊设备。
(3)特异性抗体测定：用MAC-ELISA法测定患者脑脊液中乙脑病毒IgM及IgG抗体，并与血清中上述两种抗体出现情况作比较，发现脑脊液中IgM抗体先于血清中出现，病程第2天就可测出，且持续时间较血清中抗体为久，可用于早期诊断。
4.病毒分离 乙脑病毒主要存在于脑组织中，疾病的初期取血液及脑脊液分离病毒，其阳性率很低，在病初早期死亡者的脑组织中可分离出乙脑病毒。
5.血气分析 对重症患者可作血气分析，以便及早发现呼吸功能衰竭及酸碱代谢平衡紊乱等病理生理变化，近年来，国内对部分乙脑呼吸衰竭患者进行测定，发现多以呼吸性酸中毒为主，其次为呼吸性碱中毒。
乙脑的CT，MRI特征性表现为双侧丘脑对称性分布的病变，CT上病灶呈低密度，低密度部位主要见于丘脑，中脑及基底节，还可见到脑水肿，伴有脑室扩大的脑萎缩等，部分患者急性早期CT可表现正常，颅脑MRI显示全部病例均有双侧丘脑损害存在，T1加权像病灶多呈混合信号或低信号，T2加权像呈高信号或混合信号，最常见为不同宽度的低信号围绕着高信号中心，质子密度加权像多呈高信号，除双侧丘脑受损外，大脑皮质，小脑，中脑，脑桥中央，双侧基底节，脑室周围白质及颈髓至少还有一个部位有异常信号。
6、CT、MRI检查
乙脑的CT、MRI特征性表现为双侧丘脑对称性分布的病变。CT上病灶呈低密度，低密度部位主要见于丘脑、中脑及基底节，还可见到脑水肿、伴有脑室扩大的脑萎缩等。部分患者急性早期CT可表现正常。颅脑MRI显示全部病例均有双侧丘脑损害存在，T1加权像病灶多呈混合信号或低信号，T2加权像呈高信号或混合信号，最常见为不同宽度的低信号围绕着高信号中心。质子密度加权像多呈高信号。除双侧丘脑受损外，大脑皮质、小脑、中脑、脑桥中央、双侧基底节、脑室周围白质及颈髓至少还有一个部位有异常信号。
7、微生物学检查
采集急性期患者血液或脑脊液，采用ELISA捕捉法检测是否含有JEV特异性IgM。本法敏感性、特异性、重复性均较好，一般4个小时内即可报告结果，可用于乙脑的快速(早期)诊断与鉴别诊断。
