慢性化脓性骨髓炎的并发症包括全身性并发症和局部并发症。
全身并发症
（1）贫血，低蛋白血症 慢性化脓性骨髓炎病程迁延，长期反复急性发作，低热和窦道内脓性分泌物的排出，对全身将产生慢性消耗性损害，贫血和低蛋白血症是慢性化脓性骨髓炎的常见并发症，这些并发症的存在，进不步降低了全身及局部的抗病能力，对慢性化脓性骨髓炎的治疗更增添了不利因素，从而形成恶性循环，因此，在慢性化脓性骨髓炎的治疗中纠正贫血及治疗低蛋白症甚为重要。
（2）全身性淀粉样变 淀粉样变是病理学上组织变性的，种，分全身性与局限性两种，全身性淀粉样变并发于象慢性化脓性骨髓炎这样的长期反复化脓性炎症，病理学表现为全身脏器的细胞间隙，血管基底膜上淀粉样物质的沉积，沉积物实际上是，种蛋白类物质，但具有遇碘变蓝的性质，病变的脏器常发生严重的功能损害，幸运的是，该病在我国罕见。
局部并发症
（1）病理骨折 当骨的破坏严重且广泛，而骨包壳尚未形成，或者骨包壳不牢固时，在外力作用下，即便是比较轻微的外力，也可造成骨折——即病理骨折，因此，在此期间患肢应予以制动，用石膏固定或牵引治疗，以预防病理骨折的发生，待骨包壳完全形成且牢固以后，可拆除固定。
（2）骨不连 病理骨折发生后未进行及时正确的治疗，可发生骨不连，另外，在骨包壳尚未完全形成之前进行手术治疗，摘除大块死骨，亦可造成骨缺损或骨不连，由于局部血循环差，病骨的破坏仍在继续进行，这种骨折愈合，分困难，日久将形成假关节，使整个治疗更加复杂和困难，假关节分两种，另一种为接触型，种为大块骨缺损型，后者治疗更为困难。
（3）化脓性关节炎 干骺端化脓性骨髓炎，脓肿可通过两个途径进入关节腔合并化脓性关节炎，，是通过骺板血管交通支，脓肿穿破关节软骨直接进入关节，形成化脓性关节炎，这种情况多见于婴幼儿及成人化脓性骨髓炎，另一种情况是干骺端位于关节囊内时（如股骨颈位于髋关节囊内），则脓肿可穿破干骺断骨皮质而进入关节，关节内脓液破坏关节软骨，侵犯软骨下骨质，严重影响关节功能，甚至完全强直。
（4）脊髓或马尾神经受压 化脓性脊椎炎尤其是椎弓，椎板破坏后，脓肿，坏死组织及新生的纤维组织可压迫脊髓或马尾神经引起截瘫或神经根受压，这种情况多见于颈段及胸段脊椎，感染亦可波及蛛网膜引起蛛网膜炎。
（5）恶性变 慢性化脓性骨髓炎发生恶变多见于病程长者，常见于中老年男性患者。
