骨软骨瘤绝大多数临床症状及体征轻微，有少数病人在儿童及青少年时期肿瘤可以自发性吸收，肿瘤消失，其原因是某些病人的骨软骨瘤发生骨折，由于骨吸收活跃，使肿瘤吸收;也可能是在生长发育中肿瘤逐渐的合并到增大的干骺骨之中，然而在发育过程中也可以出现如下的合并症。
1.骨折：
不常见，常发生在大而有蒂的骨软骨瘤中，由于损伤所致，然而很少出现延迟愈合或不愈合现象，个别病人骨折后肿瘤消失。
2.骨畸形：
骨软骨瘤造成的骨畸形有三：①骨管状化不佳，②干骺端变宽，③造成周围骨骼畸形，后者常发生在骨软骨瘤位于解剖关系密切的两个相邻骨之一，常见为胫骨上的骨软骨瘤对腓骨产生压力，造成腓骨畸形。
3.血管损伤：
位于膝关节附近的骨软骨瘤常可造成血管变位，更严重的并发症是动，静脉嵌压或形成假性动脉瘤，这是少见的合并症，但有报道，常见于男性，正常骨骼生长将近停止的年龄，由于骨疣的保护性软骨帽丢失了光泽，使血管与不光滑的软骨帽盖相摩擦，动脉的搏动及关节活动对血管壁造成反复性损伤，最后形成假性动脉瘤，几乎所有的骨软骨瘤合并假性动脉瘤均发生在腘动脉近侧端，原因有二：①股骨下端及胫骨上端为最常见部位，②腘动脉的近端在其穿出内收大肌是固定的，而这一动脉的远侧端也被其胫前，胫后动脉的分支所固定紧，腘动脉远近端没有活动度，因而在肿瘤表面呈弓弦样紧张，骨软骨瘤造成的假性动脉瘤为有搏动性软组织包块，其远侧端动脉搏动可有改变，但要确诊需依靠血管造影。
4.神经损伤：
这种合并症很少见，依照发病部位产生不同类型临床症状。
5.滑囊肿形成
在骨软骨瘤的顶端周围形成滑囊肿，一般为骨软骨瘤较大，且患骨活动度大者，如肩胛骨，股骨远端。
6.恶性变
约有1%的病人发生恶性变，骨软骨瘤发生恶性变可出现疼痛，肿胀，软组织包块等症状，X线上可见原来稳定的骨软骨瘤再度生长，骨质破坏，钙化不规则等表现。
在一些病例中，本病可出现关节交锁，股骨下段可以出现骨软骨瘤骨折，从而损伤周围血管，形成腘动脉的假性动脉瘤，需要强调的是，对于本病进行手术时，如果未将肿块整块切除，包括柄蒂或基部周围正常的骨组织以及滑囊，可能引起复发或造成肿瘤恶性变的不良后果。
