先天眼震最常见的并发症有：弱视，侧视及斜视，至于侧视，实际其是代偿头位的反向表现，例如，当代偿头位为面向左转时，则双眼必然右转而侧视，关于斜视，根据统计资料，该并发症占21.1%，共同性外斜较多，占合并斜视者的60.6%，共同性内斜占30.0%，上斜占1.4%。
