约30%患者可并发咽峡部溶血性链球菌感染，急性肾炎的发生率可高达13%，临床表现似一般肾炎，约6%的患者并发心肌炎。
1.溶血性贫血：发病率可为3%，多数自身免疫性溶血性贫血患儿Coombs试验阳性，冷凝集素效价增加，通常是血管外溶血。
2.血小板减少性紫癜：与血小板在脾脏破坏及外周血小板破坏增加有关，部分病例有血小板抗体存在的证据。
3.再生障碍性贫血。
4.神经系统病变：表现可多种多样，脑膜脑炎型可出现头痛，发热，谵妄，精神失常甚至昏迷，或颈强直，抽搐，脑膜刺激征阳性，共济失调和僵硬等，或Bell瘫痪，横断性脊髓炎，吉兰-巴雷综合征等，严重者可导致死亡，多数患者并无神经系统表现，但脑脊液检查，15%患儿可有蛋白或细胞数增高，细胞数增高为单核细胞浸润引起。
5.脾破裂：脾破裂发生率约0.2%，通常多见于疾病的10～21天内，触扪脾脏时动作应轻柔，以避免脾脏破裂，本病病儿偶有脾破裂发生，当脾破裂时，左肋下可出现中等程度或剧烈疼痛，并向左肩放射，脾破裂出血时可发生周围循环衰竭。
6.1966年Old用免疫扩散法揭示了EBV与鼻咽癌的血清学关系，此外与EB病毒感染有关的其他肿瘤还有恶性淋巴瘤，口腔腺体肿瘤以及胸腺瘤。
7.其他：其他少见并发症有间质性肺炎，肾小球肾炎，胰腺炎，心肌炎，心包炎等，还可能发生免疫紊乱，有报道本病患者血清学检查除可发现嗜异性抗体外，还可发现抗核抗体，类风湿因子，可发生获得性无丙种球蛋白血症， Waldeyer淋巴结环淋巴组织增生可引起气道梗阻，严重者危及生命，另外还可能发生中耳炎，鼻炎，眼睑或眶周可发生水肿。
